Přejít k hlavnímu obsahu

Molekulární a personalizovaná medicína

Laboratoř experimentální medicíny
Seniorská výzkumná skupina

Skupina Dr. Hajdúcha patří k průkopníkům personalizované medicíny v České republice. Zaměřujeme se na molekulární podstatu lidských onemocnění, zejména nádorových. Zabýváme se identifikací a popisem metabolických a signálních drah a genetických a epigenetických změn, které vedou ke vzniku nádorů u člověka. To zahrnuje nádory různého původu a mechanismy karcinogeneze, včetně syndromů dědičné predispozice k nádorům a infekčních či zánětlivých onemocnění. Náš výzkum přináší nové terapeuticky využitelné molekulární cíle a biomarkery pro diagnostiku a cílenou léčbu lidských onemocnění.

V oblasti výzkumu a vývoje léčiv se skupina zaměřuje především na protinádorová léčiva, konkrétně na malé molekuly včetně přírodních látek. Testujeme biologickou aktivitu syntetizovaných chemických sloučenin a u biologicky aktivních látek identifikujeme mechanismy účinku metodami buněčné biologie, biochemie, chemické proteomiky a genetiky. V případě známých molekulárních cílů provádíme vysokokapacitní screening a vyhledáváme farmakologické inhibitory nebo aktivátory biologické aktivity daného molekulárního cíle či buněčného fenotypu. Ve spolupráci s medicinálními chemiky dále optimalizujeme chemické struktury s cílem zvýšit účinnost a zlepšit farmakologické vlastnosti kandidátních molekul. Slibné sloučeniny postupují do preklinického testování a některé z nich i do klinických studií typu proof-of-concept s prvním podáním člověku nebo do klinických studií repozicování léčiv. 

V oblasti biomarkerů se zaměřujeme především na jejich identifikaci, validaci a zavedení pro diagnostické, prognostické a prediktivní účely ve výzkumu nádorových onemocnění i v rutinní klinické praxi. Tyto biomarkery lze využít v situacích přímo souvisejících s péčí o pacienty, vývojem léčiv a výzkumem. Za tímto účelem využíváme své odborné znalosti a zkušenosti s identifikací a validací biomarkerů na multiomické úrovni prostřednictvím komplexního profilování a analýzy genomu, transkriptomu, proteomu a metabolomu. Provádíme komplexní genomické, metabolomické a proteomické analýzy s cílem nalézt změny signálních a regulačních drah ve zdravých buňkách ve srovnání s nádorovými. Vybrané validované biomarkery jsou následně vyvíjeny jako diagnostické soupravy nebo přímo licencovány průmyslovým partnerům.

Oblasti výzkumu
  1. Identifikace nových cílů protinádorových léčiv studiem molekulárních procesů u nádorových, infekčních a vzácných onemocnění.
  2. Výzkum a vývoj kandidátních protinádorových léčiv.
  3. Výzkum a vývoj diagnostických, prognostických a prediktivních nádorových biomarkerů, zejména s využitím neinvazivních technik odběru vzorků.
  4. Hledání nových translačních modelů lidských nádorů in vitro a in vivo (nádorové sféroidy, organoidy, xenografty nádorů odvozené od pacientů).
  5. Využití a komplexní zpracování biomedicínských dat, vývoj nástrojů pro správu dat (data stewardship) a zavádění metod umělé inteligence do analýzy dat.
Časopisy
Clinical lipidomics in the era of the big data. Clinical Chemistry and Laboratory Medicine. 2023, 61(4), 587-598, ISSN: 1434-6621, PMID: 36592414,
Evaluation of Non-Invasive Gargle Lavage Sampling for the Detection of SARS-CoV-2 Using rRT-PCR or Antigen Assay. Viruses. 2022, 14(12), 2829, ISSN: 1999-4915, PMID: 36560833,  PDF.
Evaluation of Non-Invasive Gargle Lavage Sampling for the Detection of SARS-CoV-2 Using rRT-PCR or Antigen Assay. Viruses. 2022, 14(12), 2829, ISSN: 1999-4915, PMID: 36560833,  PDF.
Volná místa
25 Molecular and Translational Medicine
Projekt: Systems approaches to understanding aging and neurodegeneration
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Role of axonal transport and pathology in neurodegeneration
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: New chemoinformatics approaches to fragment-based drug discovery
Vedoucí: Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Research and development of agents for cancer, neurodegenerative and infectious diseases
Vedoucí: De Sanctis Juan Bautista Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Džubák Petr M.D., Ph.D., Urban Milan Ph.D., Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 5
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Research and development of agents for cancer, neurodegenerative and infectious diseases
Vedoucí: De Sanctis Juan Bautista Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Džubák Petr M.D., Ph.D., Urban Milan Ph.D., Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 5
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: New methods in protein degradation
Vedoucí: Holub Dušan Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Isolation and analysis of membrane lipid rafts using a non-targeted metabolomics and lipidomics approach
Vedoucí: Najdekr Lukáš Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Use of open-source software approaches for analysis of metabolomic and lipidomic clinical data
Vedoucí: Najdekr Lukáš Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Use of open-source software approaches for analysis of metabolomic and lipidomic clinical data
Vedoucí: Najdekr Lukáš Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Search and study of the mechanism of action of new circadian rhythm modulators for the therapy of civilization diseases
Vedoucí: Voller Jiří Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Identification of proteomic biomarkers in proximal fluids and tissues
Vedoucí: Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Preclinical development of molecular imaging agents
Vedoucí: Petřík Miloš Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Synthesis and characterization of 2D nanoplatforms as active drug carriers
Vedoucí: Ranc Václav Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 3
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Ligand- and structure-based modeling of biologically active compounds
Vedoucí: Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Modifications of biologically active molecules leading to improvement of their pharmacological properties
Vedoucí: Urban Milan Ph.D., Ranc Václav Ph.D., Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
K dispozici: 3
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Biologically active molecules and their therapeutic combinations
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Physiology and pathophysiology of ageing
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Voller Jiří Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Search and characterization of compounds for the therapy of congenital or acquired diseases caused by aberrant pre-mRNA editing
Vedoucí: Voller Jiří Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Bioinformatics processing of big data in clinical and preclinical studies
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Pavliš Petr Ph.D., Vrbková Jana Ph.D.
K dispozici: 3
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Anticancer drugs targeting nucleic acid metabolism
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Džubák Petr M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Identification of proteomic biomarkers in exhaled breath condensate patients with systemic or pulmonary disease
Vedoucí: Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Development of 3D pharmacophore signatures and their application in anticancer drug design
Vedoucí: Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Identification of molecular targets and resistance mechanisms of anticancer drugs by cell biology and proteomics methods
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Džubák Petr M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Identification of molecular targets and resistance mechanisms of anticancer drugs by cell biology and proteomics methods
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Džubák Petr M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Genetic and epigenetic biomarkers in health and disease
Vedoucí: Slavkovský Rastislav Ph.D., Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Drábek Jiří Ph.D., Koudeláková Vladimíra Ph.D.
K dispozici: 5
Určeno pro: Doctoral training
12 Molekulární a translační medicína
Projekt: Search and study of the mechanism of action of substances affecting the viability and motility of human spermatozoa
Vedoucí: Voller Jiří Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Projekt: Search and study of the mechanism of action of substances affecting the viability and motility of human spermatozoa
Vedoucí: Voller Jiří Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Projekt: Study of basic pharmacokinetic properties (ADME) of new drugs in preclinical development
Vedoucí: Lišková Barbora Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Projekt: Study of basic pharmacokinetic properties (ADME) of new drugs in preclinical development
Vedoucí: Lišková Barbora Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Projekt: Plasmonic nanomaterials in cancer theranostics
Vedoucí: Ranc Václav Ph.D., Petřík Miloš Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Projekt: Plasmonic nanomaterials in cancer theranostics
Vedoucí: Ranc Václav Ph.D., Petřík Miloš Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Projekt: Liquid biopsies in experimental and clinical oncology
Vedoucí: Srovnal Josef M.D., Ph.D., Koudeláková Vladimíra Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Projekt: Liquid biopsies in experimental and clinical oncology
Vedoucí: Srovnal Josef M.D., Ph.D., Koudeláková Vladimíra Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Projekt: Multimodal imaging methods for preclinical testing of new bioactive molecules
Vedoucí: Nový Zbyněk Ph.D., Petřík Miloš Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Projekt: Multimodal imaging methods for preclinical testing of new bioactive molecules
Vedoucí: Nový Zbyněk Ph.D., Petřík Miloš Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Projekt: Diagnosis and treatment of rare diseases
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Srovnal Josef M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Projekt: Diagnosis and treatment of rare diseases
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Srovnal Josef M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
26 Lékařská biologie
Projekt: Diagnostics and therapy of rare diseases
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Srovnal Josef M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 2 místa v prezenční formě studia
Projekt: Diagnostics and therapy of rare diseases
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Srovnal Josef M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 2 místa v prezenční formě studia
Projekt: Drug development of small molecules
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 2 místa v prezenční formě studia
Projekt: Drug development of small molecules
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 2 místa v prezenční formě studia
Projekt: Drug repurposing for treatment and prevention of diseases
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 1 místo v prezenční formě studia
Projekt: Drug repurposing for treatment and prevention of diseases
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 1 místo v prezenční formě studia
Projekt: Drug repurposing for treatment and prevention of diseases
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 1 místo v prezenční formě studia
Projekt: Drug repurposing for treatment and prevention of diseases
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 1 místo v prezenční formě studia
Projekt: Physiology and pathophysiology of aging
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Voller Jiří Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 2 místa v prezenční formě studia
Projekt: Physiology and pathophysiology of aging
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Voller Jiří Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 2 místa v prezenční formě studia
Projekt: Identification of molecular targets and mechanisms of resistance in antitumor drugs using cell biology and proteomics methods
Vedoucí: Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 2 místa v prezenční formě studia
Projekt: Identification of molecular targets and mechanisms of resistance in antitumor drugs using cell biology and proteomics methods
Vedoucí: Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 2 místa v prezenční formě studia
Projekt: Search and characterization of substances for the therapy of congenital or acquired diseases caused by aberrant splicing of pre-mRNA
Vedoucí: Voller Jiří Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 1 místo v prezenční formě studia
Projekt: Search and characterization of substances for the therapy of congenital or acquired diseases caused by aberrant splicing of pre-mRNA
Vedoucí: Voller Jiří Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 1 místo v prezenční formě studia
Projekt: Genetic and epigenetic biomarkers of cancer diseases
Vedoucí: Drábek Jiří Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 1 místo v prezenční formě studia
Projekt: Genetic and epigenetic biomarkers of cancer diseases
Vedoucí: Drábek Jiří Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 1 místo v prezenční formě studia
Projekt: Bioinformatics processing of big data within clinical and preclinical studies
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Pavliš Petr Ph.D.
K dispozici: 3
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 3 místa v prezenční nebo kombinované formě studia
Projekt: Bioinformatics processing of big data within clinical and preclinical studies
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Pavliš Petr Ph.D.
K dispozici: 3
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 3 místa v prezenční nebo kombinované formě studia
Projekt: Antitumor drugs targeting nucleic acid metabolism
Vedoucí: Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 2 místa v prezenční formě studia
Projekt: Antitumor drugs targeting nucleic acid metabolism
Vedoucí: Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 2 místa v prezenční formě studia
Projekt: Identification of proteomic biomarkers in exhaled air condensate in patients with systemic or pulmonary disease
Vedoucí: Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 2 místa v prezenční formě studia
Projekt: Identification of proteomic biomarkers in exhaled air condensate in patients with systemic or pulmonary disease
Vedoucí: Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 2 místa v prezenční formě studia
Projekt: The role of tumor hypoxia in the development of acquired resistance to microtubule-targeted drugs
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 1 místo v prezenční formě studia
Projekt: The role of tumor hypoxia in the development of acquired resistance to microtubule-targeted drugs
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 1 místo v prezenční formě studia
Projekt: The role of tumor hypoxia in the development of acquired resistance to microtubule-targeted drugs
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 1 místo v prezenční formě studia
Projekt: The role of tumor hypoxia in the development of acquired resistance to microtubule-targeted drugs
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 1 místo v prezenční formě studia
4 Other specializations
Projekt: Biochemical and cellular analysis of amyloid staining agents in models of tauopathies and synucleopathies
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Bakalářské studium
Projekt: Biochemical and cellular analysis of amyloid staining agents in models of tauopathies and synucleopathies
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Bakalářské studium
Projekt: Development of organoid assays for anti-tumour drug screening
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Bachelor training
Projekt: Drug synergy studies in 3D spheroids cultures of tumour cell lines
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Bachelor training
2 Biostatistika, bioinformatika a chemoinformatika
Projekt: Bio- and cheminformatics in biology of aging
Vedoucí: Voller Jiří Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Přestože jsou k dispozici stovky biologických databází, dosud chyběla bohatě anotovaná databáze látek proti stárnutí s různými mechanismy účinku. Cílem projektu je vytvořit databázi látek s aktivitou proti stárnutí, která by nabízela bohatou anotaci jak samotných látek, tak zapojených biologických mechanismů. Data budou shromažďována z široké škály veřejných databází, pomocí vytěžování textu (text-mining) vědecké literatury a patentů a také z výsledků vlastního vysokokapacitního screeningu. Data budou využita k formulování nových hypotéz o mechanismech stárnutí a k identifikaci nových látek proti stárnutí.
Projekt: Bio- and cheminformatics in biology of aging
Vedoucí: Voller Jiří Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Přestože jsou k dispozici stovky biologických databází, dosud chyběla bohatě anotovaná databáze látek proti stárnutí s různými mechanismy účinku. Cílem projektu je vytvořit databázi látek s aktivitou proti stárnutí, která by nabízela bohatou anotaci jak samotných látek, tak zapojených biologických mechanismů. Data budou shromažďována z široké škály veřejných databází, pomocí vytěžování textu (text-mining) vědecké literatury a patentů a také z výsledků vlastního vysokokapacitního screeningu. Data budou využita k formulování nových hypotéz o mechanismech stárnutí a k identifikaci nových látek proti stárnutí.
8 Chemická biologie a experimentální terapie
Projekt: Pharmacokinetic methods in preclinical drug testing
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Lišková Barbora Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Studium vlastností ADME potenciálních léčiv, která jsou součástí chemické knihovny IMTM – získaných v rámci národní nebo mezinárodní spolupráce –, patří k prvním krokům při predikci potenciálních léčiv. Modely in vitro poskytují mnoho parametrů ADME, včetně chemické, plazmatické a mikrozomální stability, vazby na plazmatické proteiny a podílu pasivní difuze jako transportního mechanismu. Testy permeability Caco-2 a MDCK-MDR1 jsou zavedenými modely střevní a hematoencefalické bariéry. Analýza vzorků se provádí pomocí systému Agilent RapidFire 300 – rychlé online extrakce na pevné fázi s následnou detekcí na hmotnostním spektrometru Qtrap 5500 (AB Sciex) – RF/MS. Vysokokapacitní hmotnostně spektrometrický systém RF/MS poskytuje ultrarychlou analýzu nativních látek bez nutnosti značení pro biochemické testy ADME a dosahuje rychlosti 6 až 10 sekund na vzorek.
Projekt: Pharmacokinetic methods in preclinical drug testing
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Lišková Barbora Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Studium vlastností ADME potenciálních léčiv, která jsou součástí chemické knihovny IMTM – získaných v rámci národní nebo mezinárodní spolupráce –, patří k prvním krokům při predikci potenciálních léčiv. Modely in vitro poskytují mnoho parametrů ADME, včetně chemické, plazmatické a mikrozomální stability, vazby na plazmatické proteiny a podílu pasivní difuze jako transportního mechanismu. Testy permeability Caco-2 a MDCK-MDR1 jsou zavedenými modely střevní a hematoencefalické bariéry. Analýza vzorků se provádí pomocí systému Agilent RapidFire 300 – rychlé online extrakce na pevné fázi s následnou detekcí na hmotnostním spektrometru Qtrap 5500 (AB Sciex) – RF/MS. Vysokokapacitní hmotnostně spektrometrický systém RF/MS poskytuje ultrarychlou analýzu nativních látek bez nutnosti značení pro biochemické testy ADME a dosahuje rychlosti 6 až 10 sekund na vzorek.
Projekt: A combination of 2D and 3D cell cultures for a smart and effective identification and characterization of anti-hypoxic candidates
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Hypoxie je výrazným rysem různých typů solidních nádorů. Ústřední složkou adaptace na hypoxii je stabilizace hypoxií indukovaného faktoru 1 (HIF-1), klíčového transkripčního regulátoru hypoxie, který řídí transkripční regulaci genů zapojených do celé řady buněčných procesů. Vzhledem k mnohočetným úlohám HIF-1 v nádorech zájem o nové nízkomolekulární inhibitory dráhy HIF-1 za posledních 10 let soustavně roste. Navzdory rozsáhlému výzkumu se však na trh dosud nedostal žádný specifický inhibitor HIF-1, a tato oblast proto stále nabízí prostor pro další výzkum. Cílem této práce je využít potenciál kombinace 2D a 3D buněčných modelů k identifikaci a charakterizaci inhibitorů HIF-1 a/nebo dráhy HIF-1 pomocí screeningu ve 2D kulturách a studií s využitím mikroskopie se světelným listem (lightsheet) a hmotnostní spektrometrie ve sféroidních kulturách.
Projekt: A combination of 2D and 3D cell cultures for a smart and effective identification and characterization of anti-hypoxic candidates
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Hypoxie je výrazným rysem různých typů solidních nádorů. Ústřední složkou adaptace na hypoxii je stabilizace hypoxií indukovaného faktoru 1 (HIF-1), klíčového transkripčního regulátoru hypoxie, který řídí transkripční regulaci genů zapojených do celé řady buněčných procesů. Vzhledem k mnohočetným úlohám HIF-1 v nádorech zájem o nové nízkomolekulární inhibitory dráhy HIF-1 za posledních 10 let soustavně roste. Navzdory rozsáhlému výzkumu se však na trh dosud nedostal žádný specifický inhibitor HIF-1, a tato oblast proto stále nabízí prostor pro další výzkum. Cílem této práce je využít potenciál kombinace 2D a 3D buněčných modelů k identifikaci a charakterizaci inhibitorů HIF-1 a/nebo dráhy HIF-1 pomocí screeningu ve 2D kulturách a studií s využitím mikroskopie se světelným listem (lightsheet) a hmotnostní spektrometrie ve sféroidních kulturách.
Projekt: Screening and characterization of compounds for therapy of diseases caused by aberrant pre-mRNA splicing
Vedoucí: Voller Jiří Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Nedávno jsme identifikovali několik nových modulátorů alternativního sestřihu se schopností zvýšit expresi transkriptů divokého typu u několika genů významných pro neurodegeneraci nebo rakovinu. Mechanismy účinku těchto slibných látek však zůstávají nejasné. Cílem projektu je (i) identifikovat molekulární cíle a relevantní dráhy, (ii) navrhnout testy pro vysokokapacitní screening knihovny chemických látek a (iii) identifikovat nové strukturní typy aktivních látek.
Projekt: Screening and characterization of compounds for therapy of diseases caused by aberrant pre-mRNA splicing
Vedoucí: Voller Jiří Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Nedávno jsme identifikovali několik nových modulátorů alternativního sestřihu se schopností zvýšit expresi transkriptů divokého typu u několika genů významných pro neurodegeneraci nebo rakovinu. Mechanismy účinku těchto slibných látek však zůstávají nejasné. Cílem projektu je (i) identifikovat molekulární cíle a relevantní dráhy, (ii) navrhnout testy pro vysokokapacitní screening knihovny chemických látek a (iii) identifikovat nové strukturní typy aktivních látek.
Projekt: Screening and characterization of compounds for therapy of mitochondrial and metabolic disorders
Vedoucí: Voller Jiří Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Farmakoterapie dědičných mitochondriálních onemocnění, včetně neurodegenerací a kardiopatií, je v současnosti pouze symptomatická. Cílem této studie je identifikovat nová kandidátní léčiva pomocí vysokokapacitního screeningu s využitím buněčných linií odvozených od pacientů. Testy budou hodnotit přežívání buněk za metabolického a oxidačního stresu a také morfologii a funkci mitochondrií. Mechanismus účinku slibných látek bude studován omickými metodami.
Projekt: Screening and characterization of compounds for therapy of mitochondrial and metabolic disorders
Vedoucí: Voller Jiří Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Farmakoterapie dědičných mitochondriálních onemocnění, včetně neurodegenerací a kardiopatií, je v současnosti pouze symptomatická. Cílem této studie je identifikovat nová kandidátní léčiva pomocí vysokokapacitního screeningu s využitím buněčných linií odvozených od pacientů. Testy budou hodnotit přežívání buněk za metabolického a oxidačního stresu a také morfologii a funkci mitochondrií. Mechanismus účinku slibných látek bude studován omickými metodami.
12 Patofyziologie a nové cíle léků
Projekt: Drug resistance mechanisms in cancer
Vedoucí: Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Budou studovány mechanismy rezistence nádorových buněk k nově vyvíjeným i stávajícím cytostatikům ze skupiny nukleosidových analog. Tato léčiva se používají ve většině protokolů protinádorové terapie a vznik lékové rezistence představuje zásadní problém v léčbě onkologických pacientů. Na dříve připravených rezistentních buněčných liniích budou identifikovány klíčové mechanismy rezistence, a to jejich podrobnou charakterizací metodami buněčné biologie, ale také proteomiky a molekulární genetiky. Význam identifikovaných změn bude dále ověřen na klinickém materiálu a bude uplatněn při vývoji nových protinádorových léčiv z této třídy.
Projekt: Drug resistance mechanisms in cancer
Vedoucí: Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Budou studovány mechanismy rezistence nádorových buněk k nově vyvíjeným i stávajícím cytostatikům ze skupiny nukleosidových analog. Tato léčiva se používají ve většině protokolů protinádorové terapie a vznik lékové rezistence představuje zásadní problém v léčbě onkologických pacientů. Na dříve připravených rezistentních buněčných liniích budou identifikovány klíčové mechanismy rezistence, a to jejich podrobnou charakterizací metodami buněčné biologie, ale také proteomiky a molekulární genetiky. Význam identifikovaných změn bude dále ověřen na klinickém materiálu a bude uplatněn při vývoji nových protinádorových léčiv z této třídy.
Projekt: The role of tumor hypoxia in the acquisition of resistance to microtubule-targeting drugs
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Hypoxie je jedním z hlavních faktorů způsobujících rezistenci k léčivům stabilizujícím mikrotubuly (MSD) a k dalším léčivům používaným v chemoterapii, která nepůsobí na mikrotubuly. Hypoxie vede ke změnám konformace tubulinu, exprese izotypů tubulinu a metabolických drah, v jejichž důsledku jsou nádorové buňky méně citlivé k paclitaxelu, taxanu široce používanému v léčbě solidních nádorů. Nedávné buněčné studie ukázaly, že netaxanová MSD s podobným způsobem stabilizace mikrotubulů jako paclitaxel jsou v hypoxických nádorových buňkách účinnější než paclitaxel. Vzhledem k odlišnému vazebnému místu na mikrotubulech předpokládáme, že netaxanová MSD mohou mít v nádorových buňkách za hypoxie lepší cytotoxický účinek. Cílem tohoto projektu je studovat protinádorový účinek netaxanových MSD na hypoxických buněčných modelech karcinomu vaječníku a děložního hrdla.
Projekt: The role of tumor hypoxia in the acquisition of resistance to microtubule-targeting drugs
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Hypoxie je jedním z hlavních faktorů způsobujících rezistenci k léčivům stabilizujícím mikrotubuly (MSD) a k dalším léčivům používaným v chemoterapii, která nepůsobí na mikrotubuly. Hypoxie vede ke změnám konformace tubulinu, exprese izotypů tubulinu a metabolických drah, v jejichž důsledku jsou nádorové buňky méně citlivé k paclitaxelu, taxanu široce používanému v léčbě solidních nádorů. Nedávné buněčné studie ukázaly, že netaxanová MSD s podobným způsobem stabilizace mikrotubulů jako paclitaxel jsou v hypoxických nádorových buňkách účinnější než paclitaxel. Vzhledem k odlišnému vazebnému místu na mikrotubulech předpokládáme, že netaxanová MSD mohou mít v nádorových buňkách za hypoxie lepší cytotoxický účinek. Cílem tohoto projektu je studovat protinádorový účinek netaxanových MSD na hypoxických buněčných modelech karcinomu vaječníku a děložního hrdla.
Projekt: Identification of molecular targets of anticancer therapy applying cell biology and proteomics tools
Vedoucí: Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Vybrané vysoce aktivní deriváty triterpenů, chelátorů a nukleosidů budou studovány s cílem identifikovat mechanismy jejich protinádorových účinků. K jejich studiu budou využity pokročilé metody buněčné biologie, proteomiky a genomiky, jako je afinitní purifikace proteinových cílů, CETSA a další. Identifikované cíle budou validovány z hlediska jejich klinické relevance v protinádorové terapii.
Projekt: Identification of molecular targets of anticancer therapy applying cell biology and proteomics tools
Vedoucí: Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Vybrané vysoce aktivní deriváty triterpenů, chelátorů a nukleosidů budou studovány s cílem identifikovat mechanismy jejich protinádorových účinků. K jejich studiu budou využity pokročilé metody buněčné biologie, proteomiky a genomiky, jako je afinitní purifikace proteinových cílů, CETSA a další. Identifikované cíle budou validovány z hlediska jejich klinické relevance v protinádorové terapii.
Projekt: Pathological conditions associated with human papillomavirus infection
Vedoucí: Koudeláková Vladimíra Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Infekce vysoce rizikovými lidskými papilomaviry (HPV infekce) je spojena s několika typy nádorových onemocnění, jako jsou karcinomy děložního hrdla, pochvy, vulvy, hlavy a krku, anu a penisu. Téměř všechny nádory děložního hrdla jsou způsobeny infekcí HPV. Navzdory dostupnému očkování a screeningovému programu karcinomu děložního hrdla patří tento karcinom k nejčastějším typům nádorových onemocnění u žen na celém světě. Hlavními problémy screeningu karcinomu děložního hrdla jsou nízká účast a nízká senzitivita cytologie, která se stále používá ve většině screeningových programů. Řešením by mohl být přechod na primární HPV screening a zasílání souprav pro samoodběr ženám, které se screeningu neúčastní. V průběhu projektu bude analyzována nejlepší strategie pro zapojení českých žen do screeningového programu. Získané vzorky budou testovány na přítomnost HPV DNA a dalších molekulárních biomarkerů důležitých pro eliminaci viru a progresi/regresi karcinomu děložního hrdla. Zjištění povedou k identifikaci biomarkerů pro včasnou diagnostiku, progresi onemocnění nebo strategie třídění (triáže). Cílem projektu je objasnit nejlepší strategii pro zapojení žen, které se screeningového programu karcinomu děložního hrdla neúčastní. Druhým cílem je studovat genetický a proteomický profil HPV pozitivních/negativních žen s normální/abnormální cervikální cytologií a také genetické varianty HPV a jejich význam pro regresi/progresi onemocnění. Student si osvojí dovednosti z oblasti biochemie, molekulární biologie, bioinformatiky a práce s buněčnými kulturami. Jde o ideální projekt pro studenta, který chce pokračovat ve vyšším studiu v oblasti výzkumu rakoviny. Projekt bude využívat různé techniky včetně PCR, in situ hybridizace, sekvenování nové generace a hmotnostní spektrometrie.
Projekt: Pathological conditions associated with human papillomavirus infection
Vedoucí: Koudeláková Vladimíra Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Infekce vysoce rizikovými lidskými papilomaviry (HPV infekce) je spojena s několika typy nádorových onemocnění, jako jsou karcinomy děložního hrdla, pochvy, vulvy, hlavy a krku, anu a penisu. Téměř všechny nádory děložního hrdla jsou způsobeny infekcí HPV. Navzdory dostupnému očkování a screeningovému programu karcinomu děložního hrdla patří tento karcinom k nejčastějším typům nádorových onemocnění u žen na celém světě. Hlavními problémy screeningu karcinomu děložního hrdla jsou nízká účast a nízká senzitivita cytologie, která se stále používá ve většině screeningových programů. Řešením by mohl být přechod na primární HPV screening a zasílání souprav pro samoodběr ženám, které se screeningu neúčastní. V průběhu projektu bude analyzována nejlepší strategie pro zapojení českých žen do screeningového programu. Získané vzorky budou testovány na přítomnost HPV DNA a dalších molekulárních biomarkerů důležitých pro eliminaci viru a progresi/regresi karcinomu děložního hrdla. Zjištění povedou k identifikaci biomarkerů pro včasnou diagnostiku, progresi onemocnění nebo strategie třídění (triáže). Cílem projektu je objasnit nejlepší strategii pro zapojení žen, které se screeningového programu karcinomu děložního hrdla neúčastní. Druhým cílem je studovat genetický a proteomický profil HPV pozitivních/negativních žen s normální/abnormální cervikální cytologií a také genetické varianty HPV a jejich význam pro regresi/progresi onemocnění. Student si osvojí dovednosti z oblasti biochemie, molekulární biologie, bioinformatiky a práce s buněčnými kulturami. Jde o ideální projekt pro studenta, který chce pokračovat ve vyšším studiu v oblasti výzkumu rakoviny. Projekt bude využívat různé techniky včetně PCR, in situ hybridizace, sekvenování nové generace a hmotnostní spektrometrie.
Projekt: An extensive structural and biochemical characterization of tau oligomeric species in Alzheimer’s disease and other tauopathies
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Rozsáhlá strukturní a biochemická charakterizace oligomerních forem proteinu tau u Alzheimerovy choroby a dalších tauopatií
Projekt: An extensive structural and biochemical characterization of tau oligomeric species in Alzheimer’s disease and other tauopathies
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Rozsáhlá strukturní a biochemická charakterizace oligomerních forem proteinu tau u Alzheimerovy choroby a dalších tauopatií
Projekt: Identification of pro-longevity pathways and mechanisms of model organisms
Vedoucí: Voller Jiří Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Cílem projektu je pomocí platforem vysokokapacitního a vysokoobsahového screeningu identifikovat nové látky, které dokážou prodloužit délku života háďátka C. elegans a zvýšit jeho odolnost vůči stresu a neurodegeneraci. Aktivní látky budou dále studovány na lidských buněčných kulturách. Mechanismy účinku zajímavých hitů budou studovány pomocí omických metod
Projekt: Identification of pro-longevity pathways and mechanisms of model organisms
Vedoucí: Voller Jiří Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Cílem projektu je pomocí platforem vysokokapacitního a vysokoobsahového screeningu identifikovat nové látky, které dokážou prodloužit délku života háďátka C. elegans a zvýšit jeho odolnost vůči stresu a neurodegeneraci. Aktivní látky budou dále studovány na lidských buněčných kulturách. Mechanismy účinku zajímavých hitů budou studovány pomocí omických metod
10 Biomarkery: Identifikace a validace
Projekt: Identification of proteomic biomarkers in exhaled breath condensate in patients with systemic or pulmonary disease
Vedoucí: Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Téma doktorské práce je zaměřeno na identifikaci biomarkerů plicních onemocnění pomocí neinvazivního odběru kondenzátu vydechovaného vzduchu. Projekt bude sledovat přítomnost proteinů ve vydechovaném vzduchu u různých onemocnění, jako je astma, cystická fibróza, nádory plic nebo některá infekční onemocnění, a také kvantitativní změny těchto proteinů ve srovnání se zdravou populací. Změny těchto potenciálních biomarkerů ve vztahu k odpovědi na léčbu a progresi onemocnění budou vyhodnoceny a validovány.
Projekt: Identification of proteomic biomarkers in exhaled breath condensate in patients with systemic or pulmonary disease
Vedoucí: Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Téma doktorské práce je zaměřeno na identifikaci biomarkerů plicních onemocnění pomocí neinvazivního odběru kondenzátu vydechovaného vzduchu. Projekt bude sledovat přítomnost proteinů ve vydechovaném vzduchu u různých onemocnění, jako je astma, cystická fibróza, nádory plic nebo některá infekční onemocnění, a také kvantitativní změny těchto proteinů ve srovnání se zdravou populací. Změny těchto potenciálních biomarkerů ve vztahu k odpovědi na léčbu a progresi onemocnění budou vyhodnoceny a validovány.
Projekt: Genetic and epigenetic biomarkers in cancer
Vedoucí: Drábek Jiří Ph.D., Slavkovský Rastislav Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 3
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Klonální hematopoéza neurčitého potenciálu (CHIP) byla nedávno popsána jako častý jev spojený se stárnutím. Je charakterizována hromaděním somatických mutací v buňkách krvetvorného systému. Přestože se CHIP projevuje expanzí určitých buněčných klonů, tento stav není doprovázen žádnými morfologickými znaky hematologické neoplazie. Bylo však prokázáno, že výskyt klonální hematopoézy koreluje se zvýšenou celkovou mortalitou a s rizikem maligní transformace krvetvorných buněk i kardiovaskulárních onemocnění, jako je ischemická cévní mozková příhoda. Do jaké míry a jakými mechanismy klonální hematopoéza přispívá k rozvoji onemocnění, zůstává předmětem současného výzkumu. Hlavním cílem projektu bude určit hlavní buňky nesoucí somatické mutace CHIP a studovat jejich úlohu při vzniku a udržování aterosklerotických plátů, zejména těch, které se podílejí na vzniku cévní mozkové příhody. Zvláštní pozornost bude věnována srovnání fenotypu CHIP pozitivních a negativních buněk. Využívané buněčné modely zahrnují nejen různé typy leukocytů, ale také cirkulující progenitorové endoteliální buňky. Studie bude zahrnovat starší osoby s prokázanou přítomností CHIP (>65 let). Subjekty budou našimi klinickými spolupracovníky charakterizovány podle přítomnosti či nepřítomnosti ischemické cévní mozkové příhody a přítomnosti či nepřítomnosti stenózy karotid. Přítomnost somatických variant ve 38 vybraných genech spojených s CHIP bude u sledovaných subjektů testována v rámci naší výzkumné skupiny. Projekt bude využívat různé techniky včetně FACS, MACS, buněčných kultur, izolace DNA z malého množství buněk, vysoce citlivé sekvenační metody pro genotypizaci DNA umožňující detekci variant s alelickou frekvencí nižší než 1 %, přípravy sekvenačních knihoven DNA/RNA, hlubokého masivně paralelního sekvenování panelu genů s využitím unikátních molekulárních čárových kódů/indexů, RNAseq, bioinformatiky a analýzy dat s možností výpočtů na vysoce výkonném výpočetním clusteru, správy dat a statistického vyhodnocení.
Projekt: Genetic and epigenetic biomarkers in cancer
Vedoucí: Drábek Jiří Ph.D., Slavkovský Rastislav Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 3
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Klonální hematopoéza neurčitého potenciálu (CHIP) byla nedávno popsána jako častý jev spojený se stárnutím. Je charakterizována hromaděním somatických mutací v buňkách krvetvorného systému. Přestože se CHIP projevuje expanzí určitých buněčných klonů, tento stav není doprovázen žádnými morfologickými znaky hematologické neoplazie. Bylo však prokázáno, že výskyt klonální hematopoézy koreluje se zvýšenou celkovou mortalitou a s rizikem maligní transformace krvetvorných buněk i kardiovaskulárních onemocnění, jako je ischemická cévní mozková příhoda. Do jaké míry a jakými mechanismy klonální hematopoéza přispívá k rozvoji onemocnění, zůstává předmětem současného výzkumu. Hlavním cílem projektu bude určit hlavní buňky nesoucí somatické mutace CHIP a studovat jejich úlohu při vzniku a udržování aterosklerotických plátů, zejména těch, které se podílejí na vzniku cévní mozkové příhody. Zvláštní pozornost bude věnována srovnání fenotypu CHIP pozitivních a negativních buněk. Využívané buněčné modely zahrnují nejen různé typy leukocytů, ale také cirkulující progenitorové endoteliální buňky. Studie bude zahrnovat starší osoby s prokázanou přítomností CHIP (>65 let). Subjekty budou našimi klinickými spolupracovníky charakterizovány podle přítomnosti či nepřítomnosti ischemické cévní mozkové příhody a přítomnosti či nepřítomnosti stenózy karotid. Přítomnost somatických variant ve 38 vybraných genech spojených s CHIP bude u sledovaných subjektů testována v rámci naší výzkumné skupiny. Projekt bude využívat různé techniky včetně FACS, MACS, buněčných kultur, izolace DNA z malého množství buněk, vysoce citlivé sekvenační metody pro genotypizaci DNA umožňující detekci variant s alelickou frekvencí nižší než 1 %, přípravy sekvenačních knihoven DNA/RNA, hlubokého masivně paralelního sekvenování panelu genů s využitím unikátních molekulárních čárových kódů/indexů, RNAseq, bioinformatiky a analýzy dat s možností výpočtů na vysoce výkonném výpočetním clusteru, správy dat a statistického vyhodnocení.
Projekt: New prognostic and predictive factors in solid tumors
Vedoucí: Srovnal Josef M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Rakovina je v západních zemích druhou nejčastější příčinou úmrtí. Včasná diagnostika a cílená terapie zlepšují výsledky léčby. Díky novým biotechnologiím lze diagnózu stanovit včas a přesně a znalost molekulární genetiky nádoru umožňuje zvolit nejvhodnější terapii pro konkrétního pacienta. Citlivost moderních molekulárních metod umožňuje charakterizovat vlastnosti nádoru z míst vzdálených od primárního nádoru, a to s využitím krve pacienta. Předmětem nabízeného studijního programu je identifikace nových prognostických a prediktivních biomarkerů nádorových onemocnění pomocí tekutých biopsií. Jde zejména o analýzu cirkulujících nádorových buněk (CTC), cirkulující volné nádorové DNA (ctDNA) a cirkulujících miRNA. Cílem projektu je dále zavádět koncept tekuté biopsie do diagnostiky a monitorování terapie solidních nádorů, zejména kolorektálního karcinomu, karcinomu prsu, plic a nádorů CNS. Patří sem monitorování odpovědi na léčbu a rezistence, identifikace nových terapeutických cílů a odhad prognózy onemocnění. Projekt poskytne školení v široce používaných a přenositelných technikách, včetně systému záchytu cirkulujících nádorových buněk, digitální kapénkové PCR, qPCR s reverzní transkripcí, RNA-seq, analýz jednotlivých buněk, xenograftových modelů a dalších multiomických metod. Hledáme uchazeče se vzděláním v oboru molekulární biologie, medicíny, buněčné biologie nebo v příbuzné oblasti, kteří mají zájem zkoumat nové přístupy v diagnostice nádorových onemocnění s významným potenciálem pro veřejné zdraví.
Projekt: New prognostic and predictive factors in solid tumors
Vedoucí: Srovnal Josef M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Rakovina je v západních zemích druhou nejčastější příčinou úmrtí. Včasná diagnostika a cílená terapie zlepšují výsledky léčby. Díky novým biotechnologiím lze diagnózu stanovit včas a přesně a znalost molekulární genetiky nádoru umožňuje zvolit nejvhodnější terapii pro konkrétního pacienta. Citlivost moderních molekulárních metod umožňuje charakterizovat vlastnosti nádoru z míst vzdálených od primárního nádoru, a to s využitím krve pacienta. Předmětem nabízeného studijního programu je identifikace nových prognostických a prediktivních biomarkerů nádorových onemocnění pomocí tekutých biopsií. Jde zejména o analýzu cirkulujících nádorových buněk (CTC), cirkulující volné nádorové DNA (ctDNA) a cirkulujících miRNA. Cílem projektu je dále zavádět koncept tekuté biopsie do diagnostiky a monitorování terapie solidních nádorů, zejména kolorektálního karcinomu, karcinomu prsu, plic a nádorů CNS. Patří sem monitorování odpovědi na léčbu a rezistence, identifikace nových terapeutických cílů a odhad prognózy onemocnění. Projekt poskytne školení v široce používaných a přenositelných technikách, včetně systému záchytu cirkulujících nádorových buněk, digitální kapénkové PCR, qPCR s reverzní transkripcí, RNA-seq, analýz jednotlivých buněk, xenograftových modelů a dalších multiomických metod. Hledáme uchazeče se vzděláním v oboru molekulární biologie, medicíny, buněčné biologie nebo v příbuzné oblasti, kteří mají zájem zkoumat nové přístupy v diagnostice nádorových onemocnění s významným potenciálem pro veřejné zdraví.
Projekt: New prognostic and predictive factors in solid tumors
Vedoucí: Srovnal Josef M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Rakovina je v západních zemích druhou nejčastější příčinou úmrtí. Včasná diagnostika a cílená terapie zlepšují výsledky léčby. Díky novým biotechnologiím lze diagnózu stanovit včas a přesně a znalost molekulární genetiky nádoru umožňuje zvolit nejvhodnější terapii pro konkrétního pacienta. Citlivost moderních molekulárních metod umožňuje charakterizovat vlastnosti nádoru z míst vzdálených od primárního nádoru, a to s využitím krve pacienta. Předmětem nabízeného studijního programu je identifikace nových prognostických a prediktivních biomarkerů nádorových onemocnění pomocí tekutých biopsií. Jde zejména o analýzu cirkulujících nádorových buněk (CTC), cirkulující volné nádorové DNA (ctDNA) a cirkulujících miRNA. Cílem projektu je dále zavádět koncept tekuté biopsie do diagnostiky a monitorování terapie solidních nádorů, zejména kolorektálního karcinomu, karcinomu prsu, plic a nádorů CNS. Patří sem monitorování odpovědi na léčbu a rezistence, identifikace nových terapeutických cílů a odhad prognózy onemocnění. Projekt poskytne školení v široce používaných a přenositelných technikách, včetně systému záchytu cirkulujících nádorových buněk, digitální kapénkové PCR, qPCR s reverzní transkripcí, RNA-seq, analýz jednotlivých buněk, xenograftových modelů a dalších multiomických metod. Hledáme uchazeče se vzděláním v oboru molekulární biologie, medicíny, buněčné biologie nebo v příbuzné oblasti, kteří mají zájem zkoumat nové přístupy v diagnostice nádorových onemocnění s významným potenciálem pro veřejné zdraví.
Projekt: New prognostic and predictive factors in solid tumors
Vedoucí: Srovnal Josef M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Rakovina je v západních zemích druhou nejčastější příčinou úmrtí. Včasná diagnostika a cílená terapie zlepšují výsledky léčby. Díky novým biotechnologiím lze diagnózu stanovit včas a přesně a znalost molekulární genetiky nádoru umožňuje zvolit nejvhodnější terapii pro konkrétního pacienta. Citlivost moderních molekulárních metod umožňuje charakterizovat vlastnosti nádoru z míst vzdálených od primárního nádoru, a to s využitím krve pacienta. Předmětem nabízeného studijního programu je identifikace nových prognostických a prediktivních biomarkerů nádorových onemocnění pomocí tekutých biopsií. Jde zejména o analýzu cirkulujících nádorových buněk (CTC), cirkulující volné nádorové DNA (ctDNA) a cirkulujících miRNA. Cílem projektu je dále zavádět koncept tekuté biopsie do diagnostiky a monitorování terapie solidních nádorů, zejména kolorektálního karcinomu, karcinomu prsu, plic a nádorů CNS. Patří sem monitorování odpovědi na léčbu a rezistence, identifikace nových terapeutických cílů a odhad prognózy onemocnění. Projekt poskytne školení v široce používaných a přenositelných technikách, včetně systému záchytu cirkulujících nádorových buněk, digitální kapénkové PCR, qPCR s reverzní transkripcí, RNA-seq, analýz jednotlivých buněk, xenograftových modelů a dalších multiomických metod. Hledáme uchazeče se vzděláním v oboru molekulární biologie, medicíny, buněčné biologie nebo v příbuzné oblasti, kteří mají zájem zkoumat nové přístupy v diagnostice nádorových onemocnění s významným potenciálem pro veřejné zdraví.
Projekt: New prognostic and predictive factors in solid tumors
Vedoucí: Srovnal Josef M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Rakovina je v západních zemích druhou nejčastější příčinou úmrtí. Včasná diagnostika a cílená terapie zlepšují výsledky léčby. Díky novým biotechnologiím lze diagnózu stanovit včas a přesně a znalost molekulární genetiky nádoru umožňuje zvolit nejvhodnější terapii pro konkrétního pacienta. Citlivost moderních molekulárních metod umožňuje charakterizovat vlastnosti nádoru z míst vzdálených od primárního nádoru, a to s využitím krve pacienta. Předmětem nabízeného studijního programu je identifikace nových prognostických a prediktivních biomarkerů nádorových onemocnění pomocí tekutých biopsií. Jde zejména o analýzu cirkulujících nádorových buněk (CTC), cirkulující volné nádorové DNA (ctDNA) a cirkulujících miRNA. Cílem projektu je dále zavádět koncept tekuté biopsie do diagnostiky a monitorování terapie solidních nádorů, zejména kolorektálního karcinomu, karcinomu prsu, plic a nádorů CNS. Patří sem monitorování odpovědi na léčbu a rezistence, identifikace nových terapeutických cílů a odhad prognózy onemocnění. Projekt poskytne školení v široce používaných a přenositelných technikách, včetně systému záchytu cirkulujících nádorových buněk, digitální kapénkové PCR, qPCR s reverzní transkripcí, RNA-seq, analýz jednotlivých buněk, xenograftových modelů a dalších multiomických metod. Hledáme uchazeče se vzděláním v oboru molekulární biologie, medicíny, buněčné biologie nebo v příbuzné oblasti, kteří mají zájem zkoumat nové přístupy v diagnostice nádorových onemocnění s významným potenciálem pro veřejné zdraví.
Projekt: New prognostic and predictive factors in solid tumors
Vedoucí: Srovnal Josef M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Rakovina je v západních zemích druhou nejčastější příčinou úmrtí. Včasná diagnostika a cílená terapie zlepšují výsledky léčby. Díky novým biotechnologiím lze diagnózu stanovit včas a přesně a znalost molekulární genetiky nádoru umožňuje zvolit nejvhodnější terapii pro konkrétního pacienta. Citlivost moderních molekulárních metod umožňuje charakterizovat vlastnosti nádoru z míst vzdálených od primárního nádoru, a to s využitím krve pacienta. Předmětem nabízeného studijního programu je identifikace nových prognostických a prediktivních biomarkerů nádorových onemocnění pomocí tekutých biopsií. Jde zejména o analýzu cirkulujících nádorových buněk (CTC), cirkulující volné nádorové DNA (ctDNA) a cirkulujících miRNA. Cílem projektu je dále zavádět koncept tekuté biopsie do diagnostiky a monitorování terapie solidních nádorů, zejména kolorektálního karcinomu, karcinomu prsu, plic a nádorů CNS. Patří sem monitorování odpovědi na léčbu a rezistence, identifikace nových terapeutických cílů a odhad prognózy onemocnění. Projekt poskytne školení v široce používaných a přenositelných technikách, včetně systému záchytu cirkulujících nádorových buněk, digitální kapénkové PCR, qPCR s reverzní transkripcí, RNA-seq, analýz jednotlivých buněk, xenograftových modelů a dalších multiomických metod. Hledáme uchazeče se vzděláním v oboru molekulární biologie, medicíny, buněčné biologie nebo v příbuzné oblasti, kteří mají zájem zkoumat nové přístupy v diagnostice nádorových onemocnění s významným potenciálem pro veřejné zdraví.
1 Pathophysiology and new drug targets
Projekt: Biology of aging and DNA damage
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doctoral training
1 Biomarkers: Identification and validation
Projekt: Identification of novel proteomic cancer biomarkers
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training