Doktorské studium

Informace

Termín pro podání přihlášek je 9. června 2023. Termín a místo konání přijímací zkoušky: 21. června 2023 – začátek v 10:00, Ústav molekulární a translační medicíny, Lékařská fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci, Hněvotínská 5, Olomouc, Česká republika, případně online. Úroveň všeobecných odborných znalostí bude hodnocena podle výsledku přijímacího řízení a pohovoru, předpokladů uchazeče pro vědeckou práci, dosavadních zkušeností uchazeče s vědeckou a odbornou prací (diplomová práce, odborné přednášky a publikace, vědecká činnost uchazeče, motivace apod.), jazykových znalostí a předpokladů pro úspěšné absolvování studia. Studenti budou ke studiu přijímáni na základě výše uvedených kritérií, kapacity školitelů a školicího pracoviště. Roční poplatek za studium v doktorském studijním programu uskutečňovaném v angličtině činí 100 EUR. Uchazeč si vybírá z uvedených témat a v přihlášce kromě zvoleného doktorského studijního programu uvádí také téma disertační práce.

Volné pozice v doktorském studiu

28 Molecular and Translational Medicine

Projekt:	Systems approaches to understanding aging and neurodegeneration
Vedoucí:	Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Role of axonal transport and pathology in neurodegeneration
Vedoucí:	Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	New chemoinformatics approaches to fragment-based drug discovery
Vedoucí:	Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Research and development of agents for cancer, neurodegenerative and infectious diseases
Vedoucí:	De Sanctis Juan Bautista Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Džubák Petr M.D., Ph.D., Urban Milan Ph.D., Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici:	5
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Innovative approaches to protein interaction modifiers
Vedoucí:	Džubák Petr M.D., Ph.D., Václavková Jana M.Sc.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	New methods in protein degradation
Vedoucí:	Holub Dušan Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Isolation and analysis of membrane lipid rafts using a non-targeted metabolomics and lipidomics approach
Vedoucí:	Najdekr Lukáš Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Use of open-source software approaches for analysis of metabolomic and lipidomic clinical data
Vedoucí:	Najdekr Lukáš Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Search and study of the mechanism of action of new circadian rhythm modulators for the therapy of civilization diseases
Vedoucí:	Voller Jiří Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Identification of proteomic biomarkers in proximal fluids and tissues
Vedoucí:	Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Preclinical development of molecular imaging agents
Vedoucí:	Petřík Miloš Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Synthesis and characterization of 2D nanoplatforms as active drug carriers
Vedoucí:	Ranc Václav Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici:	3
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Omics Approaches in Reproductive Medicine
Vedoucí:	Oždian Tomáš Ph.D., Dostál Jiří
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Ligand- and structure-based modeling of biologically active compounds
Vedoucí:	Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Modifications of biologically active molecules leading to improvement of their pharmacological properties
Vedoucí:	Urban Milan Ph.D., Ranc Václav Ph.D., Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
K dispozici:	3
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Biologically active molecules and their therapeutic combinations
Vedoucí:	Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Drug repurposing for treatment and prevention of diseases
Vedoucí:	Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Gurská Soňa Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Physiology and pathophysiology of ageing
Vedoucí:	Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Voller Jiří Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Cellular stress in health and disease
Vedoucí:	Mistrík Martin Ph.D., Moudrý Pavel Ph.D., Škrott Zdeněk Ph.D.
K dispozici:	3
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Search and characterization of compounds for the therapy of congenital or acquired diseases caused by aberrant pre-mRNA editing
Vedoucí:	Voller Jiří Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Bioinformatics processing of big data in clinical and preclinical studies
Vedoucí:	Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Pavliš Petr Ph.D., Vrbková Jana Ph.D.
K dispozici:	3
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Anticancer drugs targeting nucleic acid metabolism
Vedoucí:	Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Džubák Petr M.D., Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Identification of proteomic biomarkers in exhaled breath condensate patients with systemic or pulmonary disease
Vedoucí:	Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	The role of tumor hypoxia in the development of acquired resistance to microtubule-targeted drugs
Vedoucí:	Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Development of 3D pharmacophore signatures and their application in anticancer drug design
Vedoucí:	Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Identification of molecular targets and resistance mechanisms of anticancer drugs by cell biology and proteomics methods
Vedoucí:	Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Džubák Petr M.D., Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Genetic and epigenetic biomarkers in health and disease
Vedoucí:	Slavkovský Rastislav Ph.D., Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Drábek Jiří Ph.D., Koudeláková Vladimíra Ph.D.
K dispozici:	5
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Cellular fluxomic analysis for research of pathobiochemical processes
Vedoucí:	Adam Tomáš Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doctoral training

9 Molekulární a translační medicína

Projekt:	Utilization of the space of unprecedented covalent inhibitors
Vedoucí:	Džubák Petr M.D., Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doktorské studium

Projekt:	Search and study of the mechanism of action of substances affecting the viability and motility of human spermatozoa
Vedoucí:	Voller Jiří Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doktorské studium

Projekt:	Study of basic pharmacokinetic properties (ADME) of new drugs in preclinical development
Vedoucí:	Lišková Barbora Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doktorské studium

Projekt:	Plasmonic nanomaterials in cancer theranostics
Vedoucí:	Ranc Václav Ph.D., Petřík Miloš Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doktorské studium

Projekt:	Liquid biopsies in experimental and clinical oncology
Vedoucí:	Srovnal Josef M.D., Ph.D., Koudeláková Vladimíra Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doktorské studium

Projekt:	Multimodal imaging methods for preclinical testing of new bioactive molecules
Vedoucí:	Nový Zbyněk Ph.D., Petřík Miloš Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doktorské studium

Projekt:	Diagnosis and treatment of rare diseases
Vedoucí:	Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Srovnal Josef M.D., Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doktorské studium

Projekt:	DNA damage signaling in the cellular response to stress
Vedoucí:	Mistrík Martin Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doktorské studium

Projekt:	New prognostic and predictive factors in solid tumors
Vedoucí:	Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Srovnal Josef M.D., Ph.D., Koudeláková Vladimíra Ph.D.
K dispozici:	3
Určeno pro:	Doktorské studium

16 Lékařská biologie

Projekt:	Diagnostics and therapy of rare diseases
Vedoucí:	Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Srovnal Josef M.D., Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	2 místa v prezenční formě studia

Projekt:	Drug development of small molecules
Vedoucí:	Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	2 místa v prezenční formě studia

Projekt:	Drug repurposing for treatment and prevention of diseases
Vedoucí:	Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	1 místo v prezenční formě studia

Projekt:	Physiology and pathophysiology of aging
Vedoucí:	Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Voller Jiří Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	2 místa v prezenční formě studia

Projekt:	Identification of molecular targets and mechanisms of resistance in antitumor drugs using cell biology and proteomics methods
Vedoucí:	Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	2 místa v prezenční formě studia

Projekt:	DNA damage signaling in the cellular response to stress
Vedoucí:	Mistrík Martin Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	1 místo v prezenční formě studia

Projekt:	Search and characterization of substances for the therapy of congenital or acquired diseases caused by aberrant splicing of pre-mRNA
Vedoucí:	Voller Jiří Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	1 místo v prezenční formě studia

Projekt:	Genetic and epigenetic biomarkers of cancer diseases
Vedoucí:	Drábek Jiří Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	1 místo v prezenční formě studia

Projekt:	Bioinformatics processing of big data within clinical and preclinical studies
Vedoucí:	Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Pavliš Petr Ph.D.
K dispozici:	3
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	3 místa v prezenční nebo kombinované formě studia

Projekt:	Antitumor drugs targeting nucleic acid metabolism
Vedoucí:	Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	2 místa v prezenční formě studia

Projekt:	Identification of proteomic biomarkers in exhaled air condensate in patients with systemic or pulmonary disease
Vedoucí:	Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	2 místa v prezenční formě studia

Projekt:	The role of tumor hypoxia in the development of acquired resistance to microtubule-targeted drugs
Vedoucí:	Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	1 místo v prezenční formě studia

Projekt:	Development of 3D pharmacophore signatures and their application in the design of anticancer drugs
Vedoucí:	Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	1 místo v prezenční formě studia

Projekt:	Genetic and epigenetic biomarkers of cancer diseases
Vedoucí:	Slavkovský Rastislav Ph.D., Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici:	3
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	3 místa v prezenční formě studia

Projekt:	New prognostic and predictive factors in solid tumors
Vedoucí:	Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Srovnal Josef M.D., Ph.D.
K dispozici:	3
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	3 místa v prezenční nebo kombinované formě studia

Projekt:	Cellular fluxomic analysis for the research of pathobiochemical processes
Vedoucí:	Adam Tomáš Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	1 místo v prezenční nebo kombinované formě studia

4 Biostatistika, bioinformatika a chemoinformatika

Projekt:	Methods of semicontinuous data analysis (not only) in proteomics
Vedoucí:	Vrbková Jana Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	Data s nahromaděním hodnot v jediném bodě se v biometrii vyskytují běžně. Výsledná proměnná obvykle měří množství, které musí být nezáporné a v některých případech může být nulové. Na semikontinuální data lze pohlížet tak, že vznikají ze dvou odlišných stochastických procesů: jeden řídí výskyt nul a druhý určuje pozorovanou hodnotu za podmínky nenulové odezvy. Cílem práce je popsat a porovnat metody analýzy semikontinuálních dat s ohledem na jejich aplikaci na statistické problémy řešené v IMTM, např. proteomické analýzy.

Projekt:	In silico design of compounds with desired properties
Vedoucí:	Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	Jedním z hlavních cílů chemoinformatiky je vývoj nových látek s požadovanými vlastnostmi nebo aktivitami. Dosud bylo navrženo mnoho přístupů k návrhu de novo. Navržené látky by měly splňovat několik kritérií, např. syntetickou dostupnost, novost, diverzitu, selektivitu atd. Generátory chemických struktur splňujících tato kritéria jsou jádrem všech přístupů k návrhu de novo. Dostupné přístupy často vedou ke strukturám, které jsou synteticky obtížně dostupné, nebo omezují jejich diverzitu a novost. V rámci této studie bude implementován nový fragmentový přístup ke generování struktur, který povede k chemicky validním strukturám a umožní flexibilní kontrolu nad jejich diverzitou, novostí a syntetickou dostupností. Ten bude využit k vývoji přístupů k návrhu de novo založených na molekulovém dokování a farmakoforovém modelování s cílem generovat látky schopné vázat se do vazebného místa daného proteinu. To lze využít k vývoji nových látek a k optimalizaci struktur dostupných ligandů. Vyvinuté přístupy by měly být implementovány v softwarových nástrojích s otevřeným zdrojovým kódem.

Projekt:	Development of 3D pharmacophore signatures and their applications to drug design
Vedoucí:	Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	Farmakoforové modelování je účinný přístup k zachycení možných interakcí mezi proteinem a ligandem a k vyhledávání nových slibných látek ve velkých knihovnách. Téměř veškerý dostupný software pro farmakoforové modelování je dosud proprietární a implementované přístupy mají určitá omezení pro efektivní práci s velkými daty. V rámci této studie bude implementován nový přístup k reprezentaci 3D farmakoforů ve formě hashů. Tato reprezentace umožní rychle identifikovat podobné farmakofory ve velkých souborech dat. Tuto vlastnost lze využít k vývoji nového přístupu k farmakoforovému modelování založenému na ligandech, který nevyžaduje překryv (alignment). Vyvinuté hashe 3D farmakoforů pomohou identifikovat reprezentativní farmakofory získané ze simulací molekulové dynamiky komplexů protein–ligand. Tento vývoj zvýší úspěšnost budoucích screeningových kampaní a měl by být implementován v softwaru s otevřeným zdrojovým kódem.

Projekt:	Bio- and cheminformatics in biology of aging
Vedoucí:	Voller Jiří Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	Přestože jsou k dispozici stovky biologických databází, dosud chyběla bohatě anotovaná databáze látek proti stárnutí s různými mechanismy účinku. Cílem projektu je vytvořit databázi látek s aktivitou proti stárnutí, která by nabízela bohatou anotaci jak samotných látek, tak zapojených biologických mechanismů. Data budou shromažďována z široké škály veřejných databází, pomocí vytěžování textu (text-mining) vědecké literatury a patentů a také z výsledků vlastního vysokokapacitního screeningu. Data budou využita k formulování nových hypotéz o mechanismech stárnutí a k identifikaci nových látek proti stárnutí.

5 Chemická biologie a experimentální terapie

Projekt:	Pharmacokinetic methods in preclinical drug testing
Vedoucí:	Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Lišková Barbora Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	Studium vlastností ADME potenciálních léčiv, která jsou součástí chemické knihovny IMTM – získaných v rámci národní nebo mezinárodní spolupráce –, patří k prvním krokům při predikci potenciálních léčiv. Modely in vitro poskytují mnoho parametrů ADME, včetně chemické, plazmatické a mikrozomální stability, vazby na plazmatické proteiny a podílu pasivní difuze jako transportního mechanismu. Testy permeability Caco-2 a MDCK-MDR1 jsou zavedenými modely střevní a hematoencefalické bariéry. Analýza vzorků se provádí pomocí systému Agilent RapidFire 300 – rychlé online extrakce na pevné fázi s následnou detekcí na hmotnostním spektrometru Qtrap 5500 (AB Sciex) – RF/MS. Vysokokapacitní hmotnostně spektrometrický systém RF/MS poskytuje ultrarychlou analýzu nativních látek bez nutnosti značení pro biochemické testy ADME a dosahuje rychlosti 6 až 10 sekund na vzorek.

Projekt:	Multimodal imaging methods for testing bioactive molecules in vivo
Vedoucí:	Petřík Miloš Ph.D., Nový Zbyněk Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	Student bude využívat moderní zobrazovací techniky in vivo, konkrétně pozitronovou emisní tomografii, jednofotonovou emisní tomografii, výpočetní tomografii a optické zobrazování, s cílem objasnit účinek nových protinádorových nebo antimikrobiálních látek. Další částí projektu bude hodnocení nových radioindikátorů zaměřených na cíle exprimované nádorovými buňkami nebo mikrobiálními patogeny. Každodenní práce bude zahrnovat všechny náležité pracovní kroky běžné v radiofarmacii, tj. počínaje získáním radioizotopu z příslušného zdroje přes radioaktivní značení vybrané látky, kontrolu kvality (HPLC/TLC), testy stability a testování biologických vlastností in vitro až po postupy in vivo (biodistribuce, statické/dynamické zobrazování). Předpokládá se předchozí vzdělání v oboru medicína, farmacie, farmakologie nebo v příbuzném oboru.

Projekt:	A combination of 2D and 3D cell cultures for a smart and effective identification and characterization of anti-hypoxic candidates
Vedoucí:	Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	Hypoxie je výrazným rysem různých typů solidních nádorů. Ústřední složkou adaptace na hypoxii je stabilizace hypoxií indukovaného faktoru 1 (HIF-1), klíčového transkripčního regulátoru hypoxie, který řídí transkripční regulaci genů zapojených do celé řady buněčných procesů. Vzhledem k mnohočetným úlohám HIF-1 v nádorech zájem o nové nízkomolekulární inhibitory dráhy HIF-1 za posledních 10 let soustavně roste. Navzdory rozsáhlému výzkumu se však na trh dosud nedostal žádný specifický inhibitor HIF-1, a tato oblast proto stále nabízí prostor pro další výzkum. Cílem této práce je využít potenciál kombinace 2D a 3D buněčných modelů k identifikaci a charakterizaci inhibitorů HIF-1 a/nebo dráhy HIF-1 pomocí screeningu ve 2D kulturách a studií s využitím mikroskopie se světelným listem (lightsheet) a hmotnostní spektrometrie ve sféroidních kulturách.

Projekt:	Screening and characterization of compounds for therapy of diseases caused by aberrant pre-mRNA splicing
Vedoucí:	Voller Jiří Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	Nedávno jsme identifikovali několik nových modulátorů alternativního sestřihu se schopností zvýšit expresi transkriptů divokého typu u několika genů významných pro neurodegeneraci nebo rakovinu. Mechanismy účinku těchto slibných látek však zůstávají nejasné. Cílem projektu je (i) identifikovat molekulární cíle a relevantní dráhy, (ii) navrhnout testy pro vysokokapacitní screening knihovny chemických látek a (iii) identifikovat nové strukturní typy aktivních látek.

Projekt:	Screening and characterization of compounds for therapy of mitochondrial and metabolic disorders
Vedoucí:	Voller Jiří Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	Farmakoterapie dědičných mitochondriálních onemocnění, včetně neurodegenerací a kardiopatií, je v současnosti pouze symptomatická. Cílem této studie je identifikovat nová kandidátní léčiva pomocí vysokokapacitního screeningu s využitím buněčných linií odvozených od pacientů. Testy budou hodnotit přežívání buněk za metabolického a oxidačního stresu a také morfologii a funkci mitochondrií. Mechanismus účinku slibných látek bude studován omickými metodami.

9 Patofyziologie a nové cíle léků

Projekt:	Study of DNA double-strand break repair in tumor model
Vedoucí:	Mistrík Martin Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	Takzvané dvouřetězcové zlomy (DSB) jsou nejletálnějšími lézemi DNA, které mohou být významným zdrojem mutací, a stát se tak počátkem nevratných genetických změn vedoucích k degenerativním onemocněním včetně rakoviny. Zároveň se indukce DSB zavedená ve vhodném uspořádání může stát pro buňky neřešitelným problémem, zejména v určitých genetických kontextech typických pro nádory, což je východiskem celé řady strategií léčby rakoviny. Způsob, jakým se buňky s DSB vypořádávají, je proto předmětem velkého zájmu současného lékařského a biologického výzkumu. Doktorand/ka si osvojí několik metod indukce DSB pomocí různých zdrojů, jako je záření gama, částice alfa, UV světlo a různé chemické induktory. Následně budou studovány molekulární mechanismy, jimiž se buňka s tímto typem poškození DNA vypořádává. Důraz bude kladen na rozdíly mezi normálními a nádorovými buňkami a na jejich potenciální využití v protinádorové terapii. Student se také naučí řadu laboratorních technik včetně práce s buněčnými kulturami, transfekcí RNA/DNA, pokročilých mikroskopických technik, zobrazování živých buněk a různých biochemických analýz proteinů.

Projekt:	Signaling DNA damage in cellular response to stress
Vedoucí:	Mistrík Martin Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	Naše DNA je neustále ohrožována látkami, které ji poškozují. Neopravené poškození DNA může vést k chybám při zdvojování genomu, včetně mutací, které mohou vést ke vzniku rakoviny, a přispívat ke stárnutí a dalším lidským onemocněním. Buňky si vyvinuly propracované opravné mechanismy, které toto poškození odstraňují a zajišťují věrnou replikaci genetické informace, a my bychom tyto opravné mechanismy chtěli pochopit na molekulární úrovni. Naším konečným cílem je úplné molekulární a buněčné pochopení klíčových drah opravy DNA, které působí na poškození DNA. Doktorand/ka si osvojí řadu molekulárních a buněčných technik, včetně práce s buněčnými kulturami, RNA interference, imunofluorescenční mikroskopie, zobrazování živých buněk a imunoprecipitace proteinů. Naučí se také nové a účinné techniky, jako je superrezoluční mikroskopie a purifikace proteinů na nově syntetizované DNA.

Projekt:	Drug resistance mechanisms in cancer
Vedoucí:	Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	Budou studovány mechanismy rezistence nádorových buněk k nově vyvíjeným i stávajícím cytostatikům ze skupiny nukleosidových analog. Tato léčiva se používají ve většině protokolů protinádorové terapie a vznik lékové rezistence představuje zásadní problém v léčbě onkologických pacientů. Na dříve připravených rezistentních buněčných liniích budou identifikovány klíčové mechanismy rezistence, a to jejich podrobnou charakterizací metodami buněčné biologie, ale také proteomiky a molekulární genetiky. Význam identifikovaných změn bude dále ověřen na klinickém materiálu a bude uplatněn při vývoji nových protinádorových léčiv z této třídy.

Projekt:	The role of tumor hypoxia in the acquisition of resistance to microtubule-targeting drugs
Vedoucí:	Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	Hypoxie je jedním z hlavních faktorů způsobujících rezistenci k léčivům stabilizujícím mikrotubuly (MSD) a k dalším léčivům používaným v chemoterapii, která nepůsobí na mikrotubuly. Hypoxie vede ke změnám konformace tubulinu, exprese izotypů tubulinu a metabolických drah, v jejichž důsledku jsou nádorové buňky méně citlivé k paclitaxelu, taxanu široce používanému v léčbě solidních nádorů. Nedávné buněčné studie ukázaly, že netaxanová MSD s podobným způsobem stabilizace mikrotubulů jako paclitaxel jsou v hypoxických nádorových buňkách účinnější než paclitaxel. Vzhledem k odlišnému vazebnému místu na mikrotubulech předpokládáme, že netaxanová MSD mohou mít v nádorových buňkách za hypoxie lepší cytotoxický účinek. Cílem tohoto projektu je studovat protinádorový účinek netaxanových MSD na hypoxických buněčných modelech karcinomu vaječníku a děložního hrdla.

Projekt:	Identification of molecular targets of anticancer therapy applying cell biology and proteomics tools
Vedoucí:	Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	Vybrané vysoce aktivní deriváty triterpenů, chelátorů a nukleosidů budou studovány s cílem identifikovat mechanismy jejich protinádorových účinků. K jejich studiu budou využity pokročilé metody buněčné biologie, proteomiky a genomiky, jako je afinitní purifikace proteinových cílů, CETSA a další. Identifikované cíle budou validovány z hlediska jejich klinické relevance v protinádorové terapii.

Projekt:	Pathological conditions associated with human papillomavirus infection
Vedoucí:	Koudeláková Vladimíra Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	Infekce vysoce rizikovými lidskými papilomaviry (HPV infekce) je spojena s několika typy nádorových onemocnění, jako jsou karcinomy děložního hrdla, pochvy, vulvy, hlavy a krku, anu a penisu. Téměř všechny nádory děložního hrdla jsou způsobeny infekcí HPV. Navzdory dostupnému očkování a screeningovému programu karcinomu děložního hrdla patří tento karcinom k nejčastějším typům nádorových onemocnění u žen na celém světě. Hlavními problémy screeningu karcinomu děložního hrdla jsou nízká účast a nízká senzitivita cytologie, která se stále používá ve většině screeningových programů. Řešením by mohl být přechod na primární HPV screening a zasílání souprav pro samoodběr ženám, které se screeningu neúčastní. V průběhu projektu bude analyzována nejlepší strategie pro zapojení českých žen do screeningového programu. Získané vzorky budou testovány na přítomnost HPV DNA a dalších molekulárních biomarkerů důležitých pro eliminaci viru a progresi/regresi karcinomu děložního hrdla. Zjištění povedou k identifikaci biomarkerů pro včasnou diagnostiku, progresi onemocnění nebo strategie třídění (triáže). Cílem projektu je objasnit nejlepší strategii pro zapojení žen, které se screeningového programu karcinomu děložního hrdla neúčastní. Druhým cílem je studovat genetický a proteomický profil HPV pozitivních/negativních žen s normální/abnormální cervikální cytologií a také genetické varianty HPV a jejich význam pro regresi/progresi onemocnění. Student si osvojí dovednosti z oblasti biochemie, molekulární biologie, bioinformatiky a práce s buněčnými kulturami. Jde o ideální projekt pro studenta, který chce pokračovat ve vyšším studiu v oblasti výzkumu rakoviny. Projekt bude využívat různé techniky včetně PCR, in situ hybridizace, sekvenování nové generace a hmotnostní spektrometrie.

Projekt:	An extensive structural and biochemical characterization of tau oligomeric species in Alzheimer’s disease and other tauopathies
Vedoucí:	Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	Rozsáhlá strukturní a biochemická charakterizace oligomerních forem proteinu tau u Alzheimerovy choroby a dalších tauopatií

Projekt:	The role of non-enzymatic glycation in inflammation and aging
Vedoucí:	Frydrych Ivo Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	Glykace je jedním z endogenních mechanismů stárnutí, který probíhá spontánně v průběhu času, ale také patologicky při diabetu, selhání ledvin a zánětu. Konečné produkty pokročilé glykace (AGEs) jsou neenzymatické modifikace proteinů nebo lipidů po expozici cukrům. Hromadění glykovaných makromolekul je charakteristickým znakem stárnutí u lidí i pokusných zvířat. RAGE je nejlépe charakterizovaná molekula na povrchu buněk, která rozpoznává AGEs. Interakce mezi AGE a jeho receptorem mění funkce buněk a orgánů především prostřednictvím zánětlivých molekul, což vede ke stárnutí. RAGE reguluje řadu zásadně důležitých buněčných procesů, jako je zánět, apoptóza, signalizace ROS, proliferace, autofagie a stárnutí. RAGE tak představuje potenciál pro výzkum a vývoj diagnostických a terapeutických strategií. Přestože bylo v literatuře popsáno několik nízkomolekulárních inhibitorů RAGE, většinou neprokázaly terapeutický potenciál na úrovni proof-of-concept, a v této oblasti tak stále existuje prostor pro další vývoj. Téma bude zaměřeno na zkoumání látek z chemické knihovny IMTM jako potenciálních inhibitorů receptoru RAGE.

Projekt:	Identification of pro-longevity pathways and mechanisms of model organisms
Vedoucí:	Voller Jiří Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	Cílem projektu je pomocí platforem vysokokapacitního a vysokoobsahového screeningu identifikovat nové látky, které dokážou prodloužit délku života háďátka C. elegans a zvýšit jeho odolnost vůči stresu a neurodegeneraci. Aktivní látky budou dále studovány na lidských buněčných kulturách. Mechanismy účinku zajímavých hitů budou studovány pomocí omických metod

4 Biomarkery: Identifikace a validace

Projekt:	One of the targets in the search for prognostic and predictive biomarkers in oncology is genetic and cytogenetic changes that can control or influence cell proliferation and differentiation. These changes may be tumor-specific or occur across different pr
Vedoucí:	Trojanec Radek Ph.D., MBA
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	Jedním z cílů při hledání prognostických a prediktivních biomarkerů v onkologii jsou genetické a cytogenetické změny, které mohou řídit nebo ovlivňovat buněčnou proliferaci a diferenciaci. Tyto změny mohou být specifické pro určitý nádor nebo se v různé míře vyskytovat u různých malignit. Cílem této práce bude identifikovat a popsat známé či méně známé genetické markery a posoudit jejich vhodnost pro rutinní testování i u jiných diagnóz.

Projekt:	Identification of proteomic biomarkers in exhaled breath condensate in patients with systemic or pulmonary disease
Vedoucí:	Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	Téma doktorské práce je zaměřeno na identifikaci biomarkerů plicních onemocnění pomocí neinvazivního odběru kondenzátu vydechovaného vzduchu. Projekt bude sledovat přítomnost proteinů ve vydechovaném vzduchu u různých onemocnění, jako je astma, cystická fibróza, nádory plic nebo některá infekční onemocnění, a také kvantitativní změny těchto proteinů ve srovnání se zdravou populací. Změny těchto potenciálních biomarkerů ve vztahu k odpovědi na léčbu a progresi onemocnění budou vyhodnoceny a validovány.

Projekt:	Genetic and epigenetic biomarkers in cancer
Vedoucí:	Drábek Jiří Ph.D., Slavkovský Rastislav Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici:	3
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	Klonální hematopoéza neurčitého potenciálu (CHIP) byla nedávno popsána jako častý jev spojený se stárnutím. Je charakterizována hromaděním somatických mutací v buňkách krvetvorného systému. Přestože se CHIP projevuje expanzí určitých buněčných klonů, tento stav není doprovázen žádnými morfologickými znaky hematologické neoplazie. Bylo však prokázáno, že výskyt klonální hematopoézy koreluje se zvýšenou celkovou mortalitou a s rizikem maligní transformace krvetvorných buněk i kardiovaskulárních onemocnění, jako je ischemická cévní mozková příhoda. Do jaké míry a jakými mechanismy klonální hematopoéza přispívá k rozvoji onemocnění, zůstává předmětem současného výzkumu. Hlavním cílem projektu bude určit hlavní buňky nesoucí somatické mutace CHIP a studovat jejich úlohu při vzniku a udržování aterosklerotických plátů, zejména těch, které se podílejí na vzniku cévní mozkové příhody. Zvláštní pozornost bude věnována srovnání fenotypu CHIP pozitivních a negativních buněk. Využívané buněčné modely zahrnují nejen různé typy leukocytů, ale také cirkulující progenitorové endoteliální buňky. Studie bude zahrnovat starší osoby s prokázanou přítomností CHIP (>65 let). Subjekty budou našimi klinickými spolupracovníky charakterizovány podle přítomnosti či nepřítomnosti ischemické cévní mozkové příhody a přítomnosti či nepřítomnosti stenózy karotid. Přítomnost somatických variant ve 38 vybraných genech spojených s CHIP bude u sledovaných subjektů testována v rámci naší výzkumné skupiny. Projekt bude využívat různé techniky včetně FACS, MACS, buněčných kultur, izolace DNA z malého množství buněk, vysoce citlivé sekvenační metody pro genotypizaci DNA umožňující detekci variant s alelickou frekvencí nižší než 1 %, přípravy sekvenačních knihoven DNA/RNA, hlubokého masivně paralelního sekvenování panelu genů s využitím unikátních molekulárních čárových kódů/indexů, RNAseq, bioinformatiky a analýzy dat s možností výpočtů na vysoce výkonném výpočetním clusteru, správy dat a statistického vyhodnocení.

Projekt:	New prognostic and predictive factors in solid tumors
Vedoucí:	Srovnal Josef M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	Rakovina je v západních zemích druhou nejčastější příčinou úmrtí. Včasná diagnostika a cílená terapie zlepšují výsledky léčby. Díky novým biotechnologiím lze diagnózu stanovit včas a přesně a znalost molekulární genetiky nádoru umožňuje zvolit nejvhodnější terapii pro konkrétního pacienta. Citlivost moderních molekulárních metod umožňuje charakterizovat vlastnosti nádoru z míst vzdálených od primárního nádoru, a to s využitím krve pacienta. Předmětem nabízeného studijního programu je identifikace nových prognostických a prediktivních biomarkerů nádorových onemocnění pomocí tekutých biopsií. Jde zejména o analýzu cirkulujících nádorových buněk (CTC), cirkulující volné nádorové DNA (ctDNA) a cirkulujících miRNA. Cílem projektu je dále zavádět koncept tekuté biopsie do diagnostiky a monitorování terapie solidních nádorů, zejména kolorektálního karcinomu, karcinomu prsu, plic a nádorů CNS. Patří sem monitorování odpovědi na léčbu a rezistence, identifikace nových terapeutických cílů a odhad prognózy onemocnění. Projekt poskytne školení v široce používaných a přenositelných technikách, včetně systému záchytu cirkulujících nádorových buněk, digitální kapénkové PCR, qPCR s reverzní transkripcí, RNA-seq, analýz jednotlivých buněk, xenograftových modelů a dalších multiomických metod. Hledáme uchazeče se vzděláním v oboru molekulární biologie, medicíny, buněčné biologie nebo v příbuzné oblasti, kteří mají zájem zkoumat nové přístupy v diagnostice nádorových onemocnění s významným potenciálem pro veřejné zdraví.

2 Translační a personalizovaná medicína

Projekt:	Early diagnosis of pediatric rheumatic diseases with focus on noninvasive markers
Vedoucí:	Bouchalová Kateřina M.D., Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	Včasná diagnostika a léčba jsou cestou k lepším výsledkům v běžné klinické praxi dětské revmatologie. Kritéria pro včasnou diagnostiku systémové sklerodermie nebo systémového lupus erythematodes byla nedávno schválena pro běžnou klinickou praxi v revmatologii dospělých. Představují užitečné nástroje i pro dětské pacienty. Studenti budou pracovat s dětskými revmatologickými pacienty (tj. se systémovým lupus erythematodes, systémovou sklerodermií, vaskulitidami) a budou se podílet na klinickém hodnocení a analýze laboratorních dat, vyhledávání klinických nálezů / laboratorních biomarkerů časných stadií onemocnění a analýze potenciálních prediktorů závažného průběhu onemocnění, včetně neinvazivních biomarkerů.

Projekt:	Personalized therapy in pediatric rheumatology
Vedoucí:	Bouchalová Kateřina M.D., Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doktorské studium
Souhrn:	Personalizovaná léčba v dětské revmatologii může přinést lepší výsledky do běžné klinické praxe. Studenti budou pracovat s dětskými revmatologickými pacienty (tj. s juvenilní idiopatickou artritidou, systémovým lupus erythematodes, systémovou sklerodermií, lokalizovanou sklerodermií) a budou se podílet na klinickém hodnocení a analýze laboratorních dat, vyhledávání prediktorů odpovědi na léčbu a analýze potenciálních prediktorů aktivity onemocnění / relapsu, včetně neinvazivních markerů (např. HER-2 u systémového lupus erythematodes).

1 Pathophysiology and new drug targets

Projekt:	Biology of aging and DNA damage
Vedoucí:	Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doctoral training

5 Translational and personalized medicine

Projekt:	Study of predictive signs of celiac disease in children
Vedoucí:	Mihál Vladimír M.D., CSc.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Utilization of biomarkers and imaging methods in prediction of renal parenchyma damage
Vedoucí:	Flögelová Hana
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Disorders of ribosome function in hematology
Vedoucí:	Pospíšilová Dagmar M.D., Ph.D.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Metabolism of iron in children with celiac disease
Vedoucí:	Mihál Vladimír M.D., CSc.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doctoral training

Projekt:	Metabolism of iron in children with celiac disease
Vedoucí:	Mihál Vladimír M.D., CSc.
K dispozici:	1
Určeno pro:	Doctoral training

1 Biomarkers: Identification and validation

Projekt:	Identification of novel proteomic cancer biomarkers
Vedoucí:	Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici:	2
Určeno pro:	Doctoral training