Česká republika je jako jedna ze zakládajících zemí řádným členem EATRIS. Národní uzel – ÚMTM – byl vybudován v letech 2010–2014 a následně vznikla národní síť zapojením předních českých institucí jako partnerů EATRIS-CZ. Síť dnes poskytuje přístup k nejmodernějším technologiím, pomáhá sdílet osvědčené postupy mezi výzkumníky a díky svému multidisciplinárnímu charakteru podporuje rozvoj biomedicínských inovací. Nedávno byla infrastruktura rozšířena o Mezinárodní centrum klinického výzkumu Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně, které se k EATRIS-CZ připojilo v roce 2017; síť tak v současnosti sdružuje 10 spolupracujících institucí.
