Přejít k hlavnímu obsahu

Translační modely onemocnění a neurodegenerace

Laboratoř experimentální medicíny
Juniorská výzkumná skupina

Vítejte na webových stránkách naší výzkumné skupiny. Jsme dynamický tým se dvojím zaměřením, přičemž obě oblasti přispívají k širšímu cíli – odhalovat tajemství neurodegenerativních onemocnění a převádět naše poznatky do konkrétních terapií. 

Výzkum v centru pozornosti: Neurodegenerativní onemocnění, závažný protivník naší doby, zahrnují řadu zničujících chorob, jako je Alzheimerova a Parkinsonova nemoc. Tato onemocnění nenápadně rozkládají složitý mechanismus nervového systému, mění životy lidí a představují zásadní výzvu pro systémy zdravotní péče po celém světě. Porozumění mechanismům, které za nimi stojí, vývoj účinných terapií a v konečném důsledku nalezení léčby jsou oblastmi našeho výzkumu (podrobnější informace naleznete v částech Výzkumné zájmy a Probíhající projekty). 

Vzdělávání a popularizace: Sdílení znalostí je základní součástí našeho poslání. Rádi vychováváme další generaci výzkumníků a zapojujeme se do dění v širší komunitě. 

Vydejte se s námi na cestu: Na našich stránkách naleznete množství informací o probíhajících projektech, publikacích a o výjimečných lidech, kteří tvoří naši výzkumnou komunitu. Ať už jste kolega výzkumník, potenciální spolupracovník, zvídavý student, nebo nadšenec pro vědu a objevování, zveme vás, abyste se k nám na této vzrušující cestě připojili. Máte-li zájem o některý z našich projektů, zašlete prosím svůj životopis a stručný popis svých zájmů hlavnímu řešiteli (Viswanath Das; viswanath.das@upol.cz).

Oblasti výzkumu

Zajímají nás záhadné jevy chybného skládání a agregace proteinů a pozoruhodné šíření agregátů chybně složených proteinů podobné šíření prionů, které je charakteristické pro tauopatie a synukleinopatie. Náš cíl? Otevřít nové cesty k přesně cíleným terapiím a usilovat o zastavení nebo zmírnění progrese těchto zničujících onemocnění. 

Dále se s nadšením věnujeme špičkovým buněčným modelům, které věrně napodobují lidská onemocnění. Proč? Protože naším konečným cílem je překlenout propast mezi základním výzkumem a klinickým úspěchem a právě tyto modely jsou pro nás zásadními mosty. Budoucnost translačních modelů onemocnění je nesmírně slibná. Editace genomu pomocí CRISPR-Cas9, indukované pluripotentní kmenové buňky (iPSC) a objevování léčiv s využitím umělé inteligence mění náš přístup k neurodegenerativním i dalším lidským onemocněním. 

Aktuální projekty

Níže popsané projekty pokrývají širokou škálu vědeckých aktivit, které v současnosti probíhají ve výzkumné skupině a obecně v Laboratoři experimentální medicíny. 

1/ Strukturní a biochemická charakterizace proteinů tau a alfa-synukleinu u tauopatií a synukleinopatií:

  • Podrobná analýza struktury a biochemických vlastností těchto proteinů, které se uplatňují u Alzheimerovy nemoci (tau) a Parkinsonovy nemoci (alfa-synuklein).

2/ Vliv mutací proteinu tau na látky cílené na motiv VQIVYK u neurodegenerativních onemocnění:

  • Zkoumání, jak specifické mutace v repetitivní doméně proteinu tau ovlivňují účinnost látek navržených tak, aby cílily na tuto doménu a snižovaly agregaci tau.

3/ Identifikace farmakologických modulátorů šíření tau u Alzheimerovy nemoci:

  • S cílem vyvinout potenciální léčbu se snažíme identifikovat léčiva, která mohou cílit na šíření patologie tau.

4/ Identifikace farmakologicky ovlivnitelných cílů, které poskytují selektivní výhodu chybnému skládání a agregaci proteinů (např. agregaci tau):

  • Zaměřujeme se na objevování molekulárních cílů v drahách spojených s chybným skládáním a agregací proteinů, zejména v kontextu agregace tau, která přispívá k selektivní zranitelnosti u tauopatií. Tyto cíle mohou být přístupné terapeutické intervenci, jež by agregaci proteinů zabránila nebo ji omezila.

5/ Systémový přístup k pochopení stárnutí a neurodegenerace:

  • Tento přístup zahrnuje studium komplexní souhry biologických systémů, včetně genetiky, molekulárních drah a faktorů prostředí, s cílem lépe porozumět procesům stárnutí a neurodegenerativních onemocnění.

6/ Úloha axonálního transportu a patologie v neurodegeneraci:

  • Zkoumání, jak axonální transport ovlivňuje neurodegenerativní onemocnění, a jeho úlohy v patologii těchto onemocnění.

7/ Úloha cytoplazmatického p21 Cip1/WAF1 u lidských onemocnění:

  • Objasnění zapojení a vlivu cytoplazmatického proteinu p21 Cip1/WAF1 u lidských onemocnění.

8/ Chytré využití 2D a 3D buněčných kultur pro identifikaci kandidátních léčiv:

  • Využití dvourozměrných (2D) i trojrozměrných (3D) modelů buněčných kultur k efektivnímu screeningu a charakterizaci potenciálních kandidátních léčiv.

9/ Vývoj fyziologicky relevantních buněčných modelů (např. 3D kultur, organotypických řezů, iPSC):

  • Vytváření pokročilých buněčných modelů, jako jsou 3D buněčné kultury, organotypické kultury řezů (např. mozku a plic) a indukované pluripotentní kmenové buňky (iPSC), pro přesnější a fyziologicky relevantnější modelování onemocnění a testování léčiv.
Vybrané publikace
AGRAWAL, K., V. DAS, N. TÁBORSKÁ, J. GURSKÝ, P. DŽUBÁK, M. HAJDÚCH
Differential Regulation of Methylation-Regulating Enzymes by Senescent Stromal Cells Drives Colorectal Cancer Cell Response to DNA-Demethylating Epi-Drugs. Stem Cells International. 2018, 2018, 6013728, ISSN: 1687-966X, PMID: 30158986,
AGRAWAL, K., V. DAS, N. TÁBORSKÁ, J. GURSKÝ, P. DŽUBÁK, M. HAJDÚCH
Differential Regulation of Methylation-Regulating Enzymes by Senescent Stromal Cells Drives Colorectal Cancer Cell Response to DNA-Demethylating Epi-Drugs. Stem Cells International. 2018, 2018, 6013728, ISSN: 1687-966X, PMID: 30158986,
DAS, V., F. BRUZZESE, P. KONEČNÝ, F. IANNELLI, A. BUDILLON, M. HAJDÚCH
Pathophysiologically relevant in vitro tumor models for drug screening. Drug Discovery Today. 2015, 20(7), 848-55, ISSN: 1359-6446, PMID: 25908576,
Volná místa
3 Molecular and Translational Medicine
Projekt: Systems approaches to understanding aging and neurodegeneration
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Role of axonal transport and pathology in neurodegeneration
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Research and development of agents for cancer, neurodegenerative and infectious diseases
Vedoucí: De Sanctis Juan Bautista Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Džubák Petr M.D., Ph.D., Urban Milan Ph.D., Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 5
Určeno pro: Doctoral training
2 Lékařská biologie
Projekt: The role of tumor hypoxia in the development of acquired resistance to microtubule-targeted drugs
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 1 místo v prezenční formě studia
Projekt: The role of tumor hypoxia in the development of acquired resistance to microtubule-targeted drugs
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 1 místo v prezenční formě studia
1 Other specializations
Projekt: Drug synergy studies in 3D spheroids cultures of tumour cell lines
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Bachelor training
2 Chemická biologie a experimentální terapie
Projekt: A combination of 2D and 3D cell cultures for a smart and effective identification and characterization of anti-hypoxic candidates
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Hypoxie je výrazným rysem různých typů solidních nádorů. Ústřední složkou adaptace na hypoxii je stabilizace hypoxií indukovaného faktoru 1 (HIF-1), klíčového transkripčního regulátoru hypoxie, který řídí transkripční regulaci genů zapojených do celé řady buněčných procesů. Vzhledem k mnohočetným úlohám HIF-1 v nádorech zájem o nové nízkomolekulární inhibitory dráhy HIF-1 za posledních 10 let soustavně roste. Navzdory rozsáhlému výzkumu se však na trh dosud nedostal žádný specifický inhibitor HIF-1, a tato oblast proto stále nabízí prostor pro další výzkum. Cílem této práce je využít potenciál kombinace 2D a 3D buněčných modelů k identifikaci a charakterizaci inhibitorů HIF-1 a/nebo dráhy HIF-1 pomocí screeningu ve 2D kulturách a studií s využitím mikroskopie se světelným listem (lightsheet) a hmotnostní spektrometrie ve sféroidních kulturách.
Projekt: A combination of 2D and 3D cell cultures for a smart and effective identification and characterization of anti-hypoxic candidates
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: Hypoxie je výrazným rysem různých typů solidních nádorů. Ústřední složkou adaptace na hypoxii je stabilizace hypoxií indukovaného faktoru 1 (HIF-1), klíčového transkripčního regulátoru hypoxie, který řídí transkripční regulaci genů zapojených do celé řady buněčných procesů. Vzhledem k mnohočetným úlohám HIF-1 v nádorech zájem o nové nízkomolekulární inhibitory dráhy HIF-1 za posledních 10 let soustavně roste. Navzdory rozsáhlému výzkumu se však na trh dosud nedostal žádný specifický inhibitor HIF-1, a tato oblast proto stále nabízí prostor pro další výzkum. Cílem této práce je využít potenciál kombinace 2D a 3D buněčných modelů k identifikaci a charakterizaci inhibitorů HIF-1 a/nebo dráhy HIF-1 pomocí screeningu ve 2D kulturách a studií s využitím mikroskopie se světelným listem (lightsheet) a hmotnostní spektrometrie ve sféroidních kulturách.