EATRIS-CZ řídí národní ředitel a výkonná rada. Národní ředitel odpovídá za dlouhodobou strategii a kvalitu EATRIS-CZ a zastupuje národní infrastrukturu v konsorciu EATRIS-CZ. Mimo jiné schvaluje vědecké návrhy a řeší majetkové spory, výjimečně spory o duševní vlastnictví. Předkládá výkonné radě ke schválení návrh ročního rozpočtu. Kromě schvalování rozpočtu výkonná rada spolupracuje s národním ředitelem a projektovým manažerem na strategickém a produktovém plánování, schvaluje nová centra EATRIS-CZ a rozvojové politiky na základě vyhodnocení využití EATRIS-CZ. Výkonná rada také přiděluje kapacity jednotlivým pilotním projektům a otevřenému přístupu na národní úrovni. Vědecká rada dohlíží na vědecké zaměření konsorcia.
