Partnerské instituce EATRIS-CZ poskytují odborné znalosti a infrastrukturu pro různé typy analýz i pro získávání, ukládání a distribuci komplexních datových souborů. Zkušení pracovníci nabízejí vzájemně se doplňující odbornost v oblasti IT infrastruktury, programování, správy webů a databází, dolování dat, statistiky a bio-/chemoinformatiky a mohou poskytnout konzultace a pomoc při návrhu, realizaci a analýze studií nebo vyvinout nové softwarové nástroje na podporu vašich výzkumných aktivit. Kromě standardního vybavení a běžných softwarových prostředků zahrnuje výpočetní infrastruktura institucí EATRIS-CZ cluster současné generace, který se skládá ze 43 CPU uzlů s procesory Intel Xeon E5-2650 (2× v každém uzlu) a 20 GPU uzlů s kartami Nvidia Tesla M2090, celkem 2016 logických jader CPU, 24× 300 GB + 276× 3 TB.
Podpora projektů výzkumu a vývoje léčiv
- Příprava designu klinických studií a laboratorních experimentů (stanovení velikosti vzorku, specifikace plánu analýzy)
- Provádění statistických analýz a statistická podpora výzkumníků při vhodném reportování výsledků
- Virtuální screening vašich knihoven pomocí vlastních modelů predikujících cytotoxicitu
- Návrh léčiv a in silico optimalizace vlastností sloučenin, např. ADME, aktivity mimo cíl (off-target) atd., s využitím různých výpočetních nástrojů (strojové učení, farmakofor, molekulární dokování, molekulová dynamika atd.)
- Odborná podpora při sběru, organizaci, analýze a interpretaci genomických, proteomických a dalších biologických dat
- Chemoinformatická podpora programu vysokokapacitního screeningu včetně anotace sloučenin v knihovně, analýzy vztahů mezi strukturou a aktivitou a identifikace mechanismu účinku
Dostupné unikátní softwarové nástroje a databáze
- ClinData – softwarové řešení pro sběr klinických a laboratorních dat o pacientech zařazených do různých výzkumných projektů a klinických studií (viz https://clindata.imtm.cz).
- PreClinData – softwarové řešení pro sběr a statistické analýzy preklinických dat z různých výzkumných projektů. (viz https://preclindata.imtm.cz).
- MedChemBio – portál medicinální a biologické chemie (viz http://medchembio.cz/)
- Claire — systém pro spolehlivou detekci proteinových variant z tandemových hmotnostních spekter proteomu (viz https://claire.imtm.cz/)
- Decryptor — webově dostupný software pro identifikaci mutantních a polymorfních proteinů ze standardních dat MS/MS (viz http://decryptor.imtm.cz/)
- SPCI – software pro automatizovanou tvorbu, validaci a interpretaci modelů kvantitativních vztahů mezi strukturou a aktivitou (https://github.com/DrrDom/spci)
- Psearch – software pro automatizovanou tvorbu a validaci 3D farmakoforových modelů založených na ligandech (https://github.com/meddwl/psearch)