Dostupné technologie

Ústav molekulární a translační medicíny, Univerzita Palackého v Olomouci

• Genomická laboratoř: qPCR pro 1536 vzorků, mikročipy Affymetrix, NGS Illumina, hmotnostní spektrometrie Sequenom)
• Proteomické a metabolomické laboratoře: 2x MALDI-TOF / TOF HPLC-MS / MS qTRAP, QTOF, 2x Orbitrap, GC / GC-TOF
• Mikroskopie: AFM, Ramanova mikroskopie, IR mikroskopie, konfokální mikroskopie (spinning disc a laserová skenovací mikroskopie, superrozlišení, PALM, SIM, TIRF)
• Laboratoř vysokokapacitního screeningu / high-content analýzy (HTS / HCA): archivace a automatizované zpracování chemických látek; tříramenný robotický systém pro testování biologické aktivity malých molekul v prostředí BSL2, BSL3 a/nebo v hypoxii; detekční systémy pro radioaktivní, fluorescenční a luminiscenční záření; širokospektrální a konfokální HCA; screening pomocí hmotnostní spektrometrie (RapidFire plus qTRAP)
• Laboratoř pro práci v hypoxických podmínkách
• Laboratoře BSL3
• Oddělení zobrazovacích metod pro malá zvířata: optické (fluorescence, luminiscence), rentgenové, PET / SPECT / CT, ultrazvukové a MRI metody
• Laboratoř radiochemické, medicinální a kombinatoriální chemie
• Biobanka s více než 15 000 podrobně charakterizovanými vzorky (tkáň, krev, plazma, kostní dřeň)

Středoevropský technologický institut, Masarykova univerzita

• Průtoková cytometrie a mikroskopie: BD FACS Aria Fusion, BD FACS Verse, BD Accuri, Olympus ScanR, Zeiss PALM
• Masivně paralelní sekvenování („Next Generation Sequencing“): Illumina NextSeq, Illumina MiSeq, Oxford Nanopore MinION
• Přístroje pro automatizovanou přípravu vzorků a NGS knihoven: Fluidigm AccessArray, Wafergen SmartChip, Fluidigm C1, MagCore
• Mikročipy: Affymetrix GeneChip, Agilent SureScan
• Digitální PCR a vysokokapacitní qPCR: Biorad QX200, Life Technologies QuantStudio 12k, Wafergen SmartCycler, Roche 480 LightCycler

1. lékařská fakulta, Univerzita Karlova

Kompletní zázemí pro buněčné kultury a expresi proteinů, konfokální mikroskopii, vybavení pro molekulární biologii, technologii CRISPR, real-time PCR s mikrofluidními kartami TaqMan® Array (Applied Biosystems) a analyzátor integrity biomolekul (RNA, DNA) Agilent.

K dispozici je vybavení pro kultivaci prokaryotických i eukaryotických buněk, včetně přípravy transfektantů, odvození a následné propagace různých typů buněk pocházejících z bioptického materiálu, včetně primárních kultur a nádorových kmenových buněk (laminární boxy, termoboxy a inkubátory s řízenou atmosférou CO2, CellCoulter Z2, vybavení pro imunomagnetickou separaci, vyhřívaná komora pro krátkodobé mikroskopické pozorování kultivovaných buněk, hypoxický inkubátor s malým objemem, centrifugy, základní invertovaný mikroskop a standardní drobné přístroje potřebné pro tkáňové kultury).

Laboratoře jsou vybaveny spektrofluorimetry pro provádění fluorimetrických analýz v několika formátech (mikrotitrační destičky, kyvety atd.) a destičkovými i kyvetovými spektrofotometry umožňujícími enzymatické a imunochemické stanovení, jako je ELISA. Dále jsou k dispozici nástroje potřebné pro cytochemické a histochemické analýzy bioptického materiálu a buněk, včetně kryotomu. K vyhodnocení a dokumentaci výsledků imunohistochemických analýz slouží základní epifluorescenční a konfokální mikroskop. Pro rutinní analýzy průtokovou cytometrií jsou laboratoře vybaveny cytometrem BD FACS Verse. Kromě toho je k dispozici zázemí a vybavení pro škálu chromatografických a elektroforetických metod včetně imunoblotu a 2D elektroforézy. Od roku 2018 má Ústav patologické fyziologie 1. LF UK k dispozici laboratorní dokumentační systém Chemidoc MP.

Tým má k dispozici vybavení a odborné znalosti pro stereotaktickou intrakraniální implantaci buněčných suspenzí do pokusných zvířat (xenograftový model), stejně jako transgenní model myšího glioblastomu a syngenní myší model. Ve velké míře je využíváno zázemí certifikovaného zvěřince – s možností využití imunodeficientních zvířat a několika relevantních knock-out myších modelů, což umožňuje ověřit výsledky získané metodami in vitro na zvířecích modelech. Laboratoř biologie nádorových buněk rovněž úzce spolupracuje s Centrem pokročilých preklinických zobrazovacích metod (CAPI). Toto unikátní pracoviště, které se nachází v bezprostřední blízkosti zvěřince, disponuje přístroji pro zobrazovací metody využitelné u výše uvedených zvířecích modelů a umožňuje na těchto modelech detailní studium biologie nádorů. Jednou z velkých výhod je možnost kombinovat více zobrazovacích modalit (např. MRI, PET-SPECT-CT, MPI), což se využívá v probíhajících projektech, např. ke studiu buněčné distribuce cílených protinádorových léčiv pomocí PET sond.

Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.

• Infrastruktura pro přípravu geneticky modifikovaných mikroorganismů a purifikovaných rekombinantních antigenů
• Infrastruktura pro imunizaci laboratorních zvířat a laboratorní hodnocení imunitních odpovědí
• Cytometrické a mikroskopické technologie pro fenotypovou charakterizaci imunitní odpovědi a ultrastrukturální charakterizaci patologických změn
• Infrastruktura pro analýzy molekulárních vazebných interakcí – technologie SPR
• Zvěřinec s unikátními gnotobiotickými (germ-free) a infekčními zvířecími modely pro studium patofyziologie černého kašle, alergií, psoriázy a nádorových procesů

Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

• EPR spektrometry
• NMR spektrometry
• MS, GC-MS a LC-MS
• GC systémy
• HPLC systémy
• Kapilární elektroforéza
• Mikroškálová termoforéza
• UV-VIS, IR, Ramanova spektroskopie a CD
• Mikrokalorimetrie
• Optické a optoelektronické přístroje
• Cytometry
• Analýza a syntéza proteinů a peptidů
• Radioizotopy
• Rentgenová difrakce

Ústav makromolekulární chemie AV ČR, v. v. i.

•    Vakuové linky pro syntézu polymerů
•    Technologie radikálových, iontových a polykondenzačních polymerací
•    Systém pro mikrovlnnou syntézu
•    Zařízení pro syntézu polymerů v aplikačním měřítku
•    Nanosprejová sušárna Buchi B-90 pro přípravu nanočástic
•    Mikrofluidní technologie pro přípravu přesně definovaných nano- a mikročástic včetně vezikulů
•    Sada přístrojů pro elektrochemickou depozici polymerních vrstev 
•    HPLC chromatografie včetně detektoru radioaktivity
•    Gelová permeační chromatografie včetně detektoru radioaktivity
•    Přístroj ALV pro statický a dynamický rozptyl světla
•    Přístroj Malvern Mastersizer pro maloúhlový statický rozptyl světla a distribuci velikosti částic
•    Přístroj Malvern Zetasizer pro dynamický a elektroforetický rozptyl světla
•    Měření zeta potenciálu plochých povrchů
•    FT-IR spektrometr s držákem pro studium povrchů a tenkých vrstev
•    Spektrofluorimetr pro ustálená a časově rozlišená měření luminiscence
•    Konfokální laserový mikroskop s modulem FLIM/FCS
•    Fluorescenční čtečka destiček pro vysokokapacitní kinetická stanovení včetně měření na buňkách
•    Přístroj Microcal ITC200 pro izotermální titrační kalorimetrii
•    Přístroj Bruker E500 Elexys pro elektronovou paramagnetickou rezonanci
•    Scintilační počítač MicroBeta
•    Studnová ionizační komora
•    Spektrometr gama záření
•    Digitální 2D autoradiografie

Ústav jaderné fyziky AV ČR, v. v. i.

• Dodávky lékařských radionuklidů (např. 64Cu, 89Zr) a radiotracerů
• Cyklotronové terče vlastní konstrukce
• automatizované technologie pro zpracování ozářených terčů
• Analytické vybavení (spektrometry gama záření, ionizační komory, HPLC-MS s radiodetekcí atd.)
• Laboratoř buněčných kultur
• Cyklotrony: izochronní U-120M poskytující svazky čtyř druhů částic (protony, deuterony, 3He a částice α) a kompaktní TR-24 umožňující ozařovat terče protonovým svazkem o energii 24 MeV a proudu 300 μA
• Radiochemické laboratoře pro zpracování ozářených terčů, separaci a analýzu radionuklidů a přípravu, purifikaci a charakterizaci značených sloučenin

Mezinárodní centrum klinického výzkumu, Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně

• Magnetický navigační systém NIOBE Stereotaxis, doplněný systémem Odyssey Cinema
• -1,5T NMR Signa od GE Healthcare, doplněná o vybavení pro anestezii
• Ultrazvukové systémy: VIVID 7 Dimension 4D Breakthrough 2008, VIVID I Breakthrough 2009
• Ablační systém Cryocath
• Endoskopické a laparoskopické instrumentárium
• ECG TUNNEL a systém pro neinvazivní měření krevního tlaku (EMKA Technologies)
• Telemetrický systém Stellar pro hlodavce (TSE Systems)
• Zobrazovací systém Vevo 2100 (Visualsonics)
• Behaviorální vybavení: Intellicage System, Phenomaster System, Motorater, Multiconditioning System (TSE Systems)
• Kryostat (Nikon) a tkáňový procesor (Leica TP1020)
• HPLC s UV detekcí
• MS a CAD detekce
• Mikrovlnný reaktor
• Vysokotlaký reaktor
• Neurozobrazovací přístroje (biplanární angiografický systém, CT skener, MRI skener, ultrazvukové přístroje pro extrakraniální a transkraniální diagnostiku onemocnění tepen), rentgenové přístroje s přímou digitalizací
• NanoAssemblr – příprava kontrastních nanočástic pro MRI zobrazení trombů a nádorů. IT infrastruktura pro lékařské databáze a výzkum (cluster tvořený 4 vysoce výkonnými CPU a GPU výpočetními pracovními stanicemi HP Z840, virtualizovaná serverová farma integrovaná do zabezpečené nemocniční IT infrastruktury, dedikovaná aplikace PACS
• SW StatSof, Inc., 2013. STATISTICA (data analysis sofware system), version 12.
• SW SAS Insttute Inc., 2011. Base SAS® version 9.4 Procedures Guide. Cary, NC:SAS.
• SW R Development Core Team (2008).
• SW REDCap (Research Electronic Data Capture)

Ústav experimentální medicíny AV ČR, v. v. i.

• Plně vybavené laboratoře pro genomiku a proteomiku: sekvenátor MiSeq Illumina, analyzátor mikročipů iScan Illumina, mikrocytometr Apogee A-50, systém QuantStudio ™ 6 Flex Real-Time PCR, systém StepOne Plus Real-Time PCR, Bugbox Plus, Zetasizer Nano ZS.
• Laboratoře buněčných kultur (BSL2)
• Histologické laboratoře
• Patch clamp – laboratoře elektrofyziologického měření
• Laboratoře vybavené pro kalciové zobrazování a neurochirurgii (stereotaktický robot Neurostar)
• Široká škála behaviorálních testů s odpovídající analýzou (MotoRater, Morrisovo vodní bludiště, von Frey)
• Zobrazovací technologie pro živé a fixované preparáty: konfokální mikroskop Zeiss LSM 5 Duo, Olympus FV1200 MPE, dvoufotonový mikroskop (Ultima IV), elektronový mikroskop (Philips Electron Optics), fluorescenční mikroskop Leica DMI 6000B s obrazovou analýzou TissueGnostics, mikroskop se světelnou rovinou (Lightsheet, LaVision)

Ústav hematologie a krevní transfuze

• Čisté prostory GMP: jedno pracoviště pro aseptické zpracování buněk v třídě A s pozadím třídy B (A/B), jedno výrobní pracoviště v třídě A s pozadím třídy C (A/C) a uzavřené GMP pracoviště umožňující expanzi buněk až do GMO třídy II v izolátoru s pozadím třídy C a uzavřeným inkubátorem
• Manipulace a modifikace buněk: GMP buněčný sorter Miltenyi MACSQuant Tyto; elektroporační systém ThermoFisher Neon XT; elektroporační systém MaxCyte ExPERT GTx v souladu s GMP
• Genomické pracoviště: genetické analyzátory pro Sangerovo sekvenování ABI 3500 (8kapilárový) a ABI 3500xL (24kapilárový); 2x NGS přístroj Illumina miSeq, vysokokapacitní sekvenační platforma GeneMind SURFSeq 5000; vysokokapacitní platforma pro jednobuněčné sekvenování RNA 10x Genomics Chromium iX; jednobuněčný NGS systém Mission Bio Tapestri; ddPCR systém Bio-Rad QX200; real-time cyklery Rotor-Gene Q; vysoce výkonné PCR termocyklery TAdvanced 96 G - Analytik Jena; automatizovaná gelová elektroforéza Agilent 4200 TapeStation; automatický extraktor nukleových kyselin MagCore Plus II
• Pracoviště imunitního monitorování a průtokové cytometrie: 5laserový celospektrální průtokový cytometr Cytek Aurora; 5laserový klasický průtokový cytometr BD FACSymphony A5 SORP; 5laserový klasický průtokový cytometr BD LSRFortessa; 5laserový spektrální zobrazovací buněčný sorter BD FACSDiscover S8; BD Rhapsod HT Xpress System; ChemoMetec NucleoCounter NC-3000; disociátor Miltenyi gentleMACS Octo
• Pracoviště zobrazování a buněčných funkcí: systém konfokálního mikroskopu Olympus FV1000 (Olympus Corp., Japonsko) vybavený čtyřmi lasery, pěti objektivy a vysoce citlivými detektory v kombinaci s průtokovou komůrkou a injekční pumpou; systém Applied Biosystems ECIS Ztheta; analyzátor Agilent Seahorse XFp
• Metabolomické a proteomické pracoviště: hmotnostní spektrometry QTRAP 4000 a QTRAP 7500; hmotnostní spektrometr TripleTOF 6600 propojený se separačními systémy HPLC, UHPLC a nano-HPLC; multimodální čtečka Synergy HTX, záznamový UV-VIS spektrofotometr Shimadzu UV 2401 PC; zařízení pro povrchovou plasmonovou rezonanci