GENOMIKA
EATRIS-CZ přibližuje realizaci malých, středních i středně velkých sekvenačních a genotypizačních projektů. Navzdory rozšířenému povědomí o nízké ceně získání genetické informace vyžaduje zahájení sekvenačního či genotypizačního projektu počáteční investici v řádu milionů eur, průběžné vzdělávání personálu nejen v oblasti mokré laboratorní práce, ale i v bioinformatice, a nepřetržitý přísun vzorků, aby přístroje byly stále v provozu. V mnoha případech tak může být nejrozumnějším řešením outsourcing nebo výzkumná spolupráce.
Podpora projektů výzkumu a vývoje léčiv
V rámci infrastruktury EATRIS-CZ můžeme nabídnout služby s využitím desítky real-time termocyklerů včetně formátu 1536 jamek a digitální kapkové PCR (Bio-Rad QX200). K dispozici je dále mikročipové zařízení Affymetrix (exprese na úrovni genů a exonů u člověka, profilování miRNA, FFPE OncoScan, HD Cytoscan) a dvě platformy pro sekvenování nové generace od společnosti Illumina (MiSeq, HiSeq), s přístupem k platformě NovaSeq.
Podporované aplikace zahrnují
- Genotypizaci SNP
- Amplikonové sekvenování pro metagenomické studie
- Cílené sekvenování vzorků fixovaných formalínem a zalitých do parafínu (FFPE)
- Sekvenování transkriptomu
- Exomové a/nebo celogenomové sekvenování
- Cílenou detekci metylace cytosinu pomocí pyrosekvenování a/nebo masivně paralelního sekvenování
- Profilování miRNA a genové exprese
Další nabízené typy služeb a analýz
- Chromozomální mikročipy (CMA)
- Konstrukce DNA FISH sond pro určené geny/chromozomální oblasti
- Fluorescenční in situ hybridizace (FISH)
- Genotypizace, SNP
- Analýza křivek tání s vysokým rozlišením (HRM)
- Mnoho typů PCR včetně ddPCR
- Detekce a charakterizace cirkulujících nádorových buněk
- Detekce lidského papilomaviru (HPV) a úplná genotypizace vysoce i nízce rizikových genotypů HPV
- Triáž HPV pozitivních žen metylačním testem
PROTEOMIKA
Proteomická pracoviště EATRIS-CZ disponují komplexní sadou analytických přístrojů pokrývajících široké spektrum proteomických analýz:
hmotnostní spektrometry Elite a Fusion na bázi Orbitrap (Thermo Scientific) pro objevnou proteomiku, QTrap 5500 (ABSciex) pro kvantifikaci a validaci proteinů pomocí monitorování jedné/více reakcí (SRM/MRM). Pracoviště rovněž nabízejí přístup ke dvěma systémům MALDI-TOF UltrafleXtreme (Bruker Daltonics).
Kromě hmotnostních spektrometrů nabízejí proteomická pracoviště pipetovací stanici Quadra3 (TOMTEC Life Sciences) pro extrakci na pevné fázi, 1D, 2D, DIGE skener Typhoon (GE), přístrojové vybavení pro produkci a purifikaci rekombinantních proteinů NGC-Discover,
chromatografický systém (Bio-Rad) k urychlení přípravy a analýzy velkého množství vzorků.
Přístrojové vybavení je podpořeno systémy pro správu dat a komplexní analýzy, které spravují spolupracující pracovníci bioinformatické a IT podpory.
Proteomická pracoviště partnerských institucí EATRIS-CZ dokážou provádět široké spektrum experimentů včetně identifikace a kvantifikace proteinů ve vzorcích od jednotlivých
gelových proužků až po celobuněčné lyzáty, sérum či jiné biologické tekutiny. Provést lze rovněž kontrolu kvality vašich vzorků a vývoj metod LC/MS.
Podpora projektů výzkumu a vývoje léčiv
- Identifikace, objevování a kvantifikace proteinů (se značením i bez značení), SILAC, FAS
- Objevování a validace biomarkerů, SWATH, SRM, MRM, glycocapture
- Identifikace posttranslačních modifikací proteinů
- Imunoafinitní pull-down experimenty, identifikace molekulárních cílů
- Analýzy dat z hmotnostní spektrometrie
- Konzultace, školení
Výhody a možnosti, které proteomická pracoviště EATRIS-CZ mohou přinést vašemu výzkumu
- Přístup k široké škále špičkového proteomického vybavení včetně Orbitrap, MALDI-TOF,
- Q-TOF a dalších hmotnostních spektrometrů propojených s nano-LC
- Izotopové značení proteinů bez vlivu na jejich funkci a chování
- Plynulý přechod od experimentů na buněčných kulturách k experimentům na tkáních či séru
- Přesná cílená kvantifikace s izotopově značenými vnitřními standardy
- Robotické pipetování snižující variabilitu
- Možnost provést objevnou i validační fázi
- Pokročilé znalosti a metodická podpora
BIOBANKING
Biologické vzorky a doprovodná data pacientů jsou nezbytné pro vývoj jakéhokoli nového léčiva či diagnostického testu, a tím i pro rozvoj biomedicínského výzkumu v kontextu personalizované medicíny.
EATRIS-CZ úzce spolupracuje s další výzkumnou infrastrukturou v oblasti medicíny – Evropskou výzkumnou infrastrukturou pro biobanky a biomolekulární zdroje (BBMRI), a poskytuje tak silnou podporu projektům translačního výzkumu. Proces sběru vzorků obecně vyžaduje úzkou spolupráci mezi pacienty, chirurgy, patology, výzkumníky a personálem biobanky. Získání koherentní kohorty klinicky charakterizovaných vzorků proto může být pro akademická centra bez přímého kontaktu s fakultními nemocnicemi nedosažitelné.
Podpora projektů výzkumu a vývoje léčiv
- Členové EATRIS-CZ poskytují přímý přístup ke vzorkům ze sbírky nádorů, která zahrnuje:
- DNA (více než 15 000 vzorků od 8 000 pacientů)
- RNA (více než 4 000 vzorků od 3 000 pacientů)
- Řezy FFPE (více než 40 000 vzorků od 10 000 pacientů)
- Kryovzorky (přibližně 5 000 tkáňových vzorků od 1 000 pacientů s onemocněním plic, mozku, tlustého střeva a konečníku, prsu, lymfatických uzlin, vaječníků, varlat, prostaty a kostní dřeně)
- Tkáňové vzorky fixované v RNAlater (odebírané souběžně s tkáňovými kryovzorky)
- Další tkáňové vzorky na základě příslušných smluv o předávání materiálu
Spolupracující pracoviště poskytují také infrastrukturu pro skladování zmrazených a hluboce zmrazených vzorků, převážně od onkologických pacientů. Mimo jiné nabízejí kapacitu v kryosystémech na kapalný dusík od společnosti Lineq vybavených alarmovými systémy Kesai. K dispozici jsou také kryosystémy Mowden pro -80 °C vybavené softwarem CryoData2, Innova U725 a COMET.