Výzkum se zaměřuje na humánní virologii, surveillance v oblasti veřejného zdraví a molekulární mechanismy virových infekcí a onemocnění, zejména karcinogeneze. Skupina se věnuje především onemocněním asociovaným s HPV, imunitě vůči SARS-CoV-2 a genetice nádorových onemocnění. Laboratoř virologie a molekulární karcinogeneze byla nedávno založena jako juniorská výzkumná skupina. Výzkumní pracovníci Laboratoře virologie a molekulární karcinogeneze se zabývají molekulárním výzkumem lidských papilomavirů (HPV) a v poslední době také infekcí SARS-CoV-2. Pracoviště je plně vybaveno nejmodernějšími přístroji pro genetické a molekulárně biologické analýzy lidského biologického materiálu.
Virologie a molekulární karcinogeneze
Laboratoř experimentální medicíny
Oblasti výzkumu
- Humánní virologie
- Surveillance v oblasti veřejného zdraví
- Molekulární karcinogeneze nádorů vyvolaných HPV
- Imunita vůči SARS-CoV-2
- Zlepšování národních screeningových a očkovacích programů
- Nové přístupy ve screeningovém testování
- Diagnostické a terapeutické cíle
Aktuální projekty
- Studie KOPRETINA – Hlavním cílem studie je určit prevalenci a distribuci genotypů lidského papilomaviru u očkovaných a neočkovaných českých žen. Druhým cílem je vyhodnotit využití zařízení pro samoodběr, zejména u žen, které se neúčastní cytologického screeningu karcinomu děložního hrdla, i u žen, které se screeningu účastní.
- Tekuté biopsie – možný nástroj pro sledování léčby a časnou detekci recidivy u onemocnění asociovaných s HPV – Hlavním cílem studie je sledování dynamiky HPV DNA u pacientů s HPV-pozitivním karcinomem či prekancerózou orofaryngu a děložního hrdla. Druhým cílem je vyhodnotit význam cirkulující HPV DNA v tekutých biopsiích pro sledování účinnosti léčby a relapsu.
- PREVAL – Studie kolektivní imunity – Hlavním cílem studie je vyhodnotit množství protilátek proti SARS-CoV-2, výskyt infekce a buněčnou imunitní odpověď u obyvatel Olomouckého kraje.
Vybrané publikace
Prevalence of Human Papillomavirus Infection in Oocyte Donors and Women Treated for Infertility: An Observational Laboratory-Based Study. European Journal of Obstetrics & Gynecology and Reproductive Biology: X. 2019, 4, 100068, ISSN: 2590-1613, PMID: 1517300,
Prevalence of Human Papillomavirus Infection in Oocyte Donors and Women Treated for Infertility: An Observational Laboratory-Based Study. European Journal of Obstetrics & Gynecology and Reproductive Biology: X. 2019, 4, 100068, ISSN: 2590-1613, PMID: 1517300,
Volná místa
2 Molekulární a translační medicína
| Projekt: | Liquid biopsies in experimental and clinical oncology |
|---|---|
| Vedoucí: | Srovnal Josef M.D., Ph.D., Koudeláková Vladimíra Ph.D. |
| K dispozici: | 2 |
| Určeno pro: | Doktorské studium |
| Projekt: | Liquid biopsies in experimental and clinical oncology |
|---|---|
| Vedoucí: | Srovnal Josef M.D., Ph.D., Koudeláková Vladimíra Ph.D. |
| K dispozici: | 2 |
| Určeno pro: | Doktorské studium |
1 Molecular and Translational Medicine
| Projekt: | Genetic and epigenetic biomarkers in health and disease |
|---|---|
| Vedoucí: | Slavkovský Rastislav Ph.D., Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Drábek Jiří Ph.D., Koudeláková Vladimíra Ph.D. |
| K dispozici: | 5 |
| Určeno pro: | Doctoral training |
2 Lékařská biologie
| Projekt: | Genetic and epigenetic biomarkers of cancer diseases |
|---|---|
| Vedoucí: | Slavkovský Rastislav Ph.D., Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D. |
| K dispozici: | 3 |
| Určeno pro: | Doktorské studium |
| Souhrn: | 3 místa v prezenční formě studia |
| Projekt: | Genetic and epigenetic biomarkers of cancer diseases |
|---|---|
| Vedoucí: | Slavkovský Rastislav Ph.D., Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D. |
| K dispozici: | 3 |
| Určeno pro: | Doktorské studium |
| Souhrn: | 3 místa v prezenční formě studia |
4 Patofyziologie a nové cíle léků
| Projekt: | Pathological conditions associated with human papillomavirus infection |
|---|---|
| Vedoucí: | Koudeláková Vladimíra Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D. |
| K dispozici: | 2 |
| Určeno pro: | Doktorské studium |
| Souhrn: | Infekce vysoce rizikovými lidskými papilomaviry (HPV infekce) je spojena s několika typy nádorových onemocnění, jako jsou karcinomy děložního hrdla, pochvy, vulvy, hlavy a krku, anu a penisu. Téměř všechny nádory děložního hrdla jsou způsobeny infekcí HPV. Navzdory dostupnému očkování a screeningovému programu karcinomu děložního hrdla patří tento karcinom k nejčastějším typům nádorových onemocnění u žen na celém světě. Hlavními problémy screeningu karcinomu děložního hrdla jsou nízká účast a nízká senzitivita cytologie, která se stále používá ve většině screeningových programů. Řešením by mohl být přechod na primární HPV screening a zasílání souprav pro samoodběr ženám, které se screeningu neúčastní. V průběhu projektu bude analyzována nejlepší strategie pro zapojení českých žen do screeningového programu. Získané vzorky budou testovány na přítomnost HPV DNA a dalších molekulárních biomarkerů důležitých pro eliminaci viru a progresi/regresi karcinomu děložního hrdla. Zjištění povedou k identifikaci biomarkerů pro včasnou diagnostiku, progresi onemocnění nebo strategie třídění (triáže). Cílem projektu je objasnit nejlepší strategii pro zapojení žen, které se screeningového programu karcinomu děložního hrdla neúčastní. Druhým cílem je studovat genetický a proteomický profil HPV pozitivních/negativních žen s normální/abnormální cervikální cytologií a také genetické varianty HPV a jejich význam pro regresi/progresi onemocnění. Student si osvojí dovednosti z oblasti biochemie, molekulární biologie, bioinformatiky a práce s buněčnými kulturami. Jde o ideální projekt pro studenta, který chce pokračovat ve vyšším studiu v oblasti výzkumu rakoviny. Projekt bude využívat různé techniky včetně PCR, in situ hybridizace, sekvenování nové generace a hmotnostní spektrometrie. |
| Projekt: | Pathological conditions associated with human papillomavirus infection |
|---|---|
| Vedoucí: | Koudeláková Vladimíra Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D. |
| K dispozici: | 2 |
| Určeno pro: | Doktorské studium |
| Souhrn: | Infekce vysoce rizikovými lidskými papilomaviry (HPV infekce) je spojena s několika typy nádorových onemocnění, jako jsou karcinomy děložního hrdla, pochvy, vulvy, hlavy a krku, anu a penisu. Téměř všechny nádory děložního hrdla jsou způsobeny infekcí HPV. Navzdory dostupnému očkování a screeningovému programu karcinomu děložního hrdla patří tento karcinom k nejčastějším typům nádorových onemocnění u žen na celém světě. Hlavními problémy screeningu karcinomu děložního hrdla jsou nízká účast a nízká senzitivita cytologie, která se stále používá ve většině screeningových programů. Řešením by mohl být přechod na primární HPV screening a zasílání souprav pro samoodběr ženám, které se screeningu neúčastní. V průběhu projektu bude analyzována nejlepší strategie pro zapojení českých žen do screeningového programu. Získané vzorky budou testovány na přítomnost HPV DNA a dalších molekulárních biomarkerů důležitých pro eliminaci viru a progresi/regresi karcinomu děložního hrdla. Zjištění povedou k identifikaci biomarkerů pro včasnou diagnostiku, progresi onemocnění nebo strategie třídění (triáže). Cílem projektu je objasnit nejlepší strategii pro zapojení žen, které se screeningového programu karcinomu děložního hrdla neúčastní. Druhým cílem je studovat genetický a proteomický profil HPV pozitivních/negativních žen s normální/abnormální cervikální cytologií a také genetické varianty HPV a jejich význam pro regresi/progresi onemocnění. Student si osvojí dovednosti z oblasti biochemie, molekulární biologie, bioinformatiky a práce s buněčnými kulturami. Jde o ideální projekt pro studenta, který chce pokračovat ve vyšším studiu v oblasti výzkumu rakoviny. Projekt bude využívat různé techniky včetně PCR, in situ hybridizace, sekvenování nové generace a hmotnostní spektrometrie. |
| Projekt: | Pathological conditions associated with human papillomavirus infection |
|---|---|
| Vedoucí: | Koudeláková Vladimíra Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D. |
| K dispozici: | 2 |
| Určeno pro: | Doktorské studium |
| Souhrn: | Infekce vysoce rizikovými lidskými papilomaviry (HPV infekce) je spojena s několika typy nádorových onemocnění, jako jsou karcinomy děložního hrdla, pochvy, vulvy, hlavy a krku, anu a penisu. Téměř všechny nádory děložního hrdla jsou způsobeny infekcí HPV. Navzdory dostupnému očkování a screeningovému programu karcinomu děložního hrdla patří tento karcinom k nejčastějším typům nádorových onemocnění u žen na celém světě. Hlavními problémy screeningu karcinomu děložního hrdla jsou nízká účast a nízká senzitivita cytologie, která se stále používá ve většině screeningových programů. Řešením by mohl být přechod na primární HPV screening a zasílání souprav pro samoodběr ženám, které se screeningu neúčastní. V průběhu projektu bude analyzována nejlepší strategie pro zapojení českých žen do screeningového programu. Získané vzorky budou testovány na přítomnost HPV DNA a dalších molekulárních biomarkerů důležitých pro eliminaci viru a progresi/regresi karcinomu děložního hrdla. Zjištění povedou k identifikaci biomarkerů pro včasnou diagnostiku, progresi onemocnění nebo strategie třídění (triáže). Cílem projektu je objasnit nejlepší strategii pro zapojení žen, které se screeningového programu karcinomu děložního hrdla neúčastní. Druhým cílem je studovat genetický a proteomický profil HPV pozitivních/negativních žen s normální/abnormální cervikální cytologií a také genetické varianty HPV a jejich význam pro regresi/progresi onemocnění. Student si osvojí dovednosti z oblasti biochemie, molekulární biologie, bioinformatiky a práce s buněčnými kulturami. Jde o ideální projekt pro studenta, který chce pokračovat ve vyšším studiu v oblasti výzkumu rakoviny. Projekt bude využívat různé techniky včetně PCR, in situ hybridizace, sekvenování nové generace a hmotnostní spektrometrie. |
| Projekt: | Pathological conditions associated with human papillomavirus infection |
|---|---|
| Vedoucí: | Koudeláková Vladimíra Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D. |
| K dispozici: | 2 |
| Určeno pro: | Doktorské studium |
| Souhrn: | Infekce vysoce rizikovými lidskými papilomaviry (HPV infekce) je spojena s několika typy nádorových onemocnění, jako jsou karcinomy děložního hrdla, pochvy, vulvy, hlavy a krku, anu a penisu. Téměř všechny nádory děložního hrdla jsou způsobeny infekcí HPV. Navzdory dostupnému očkování a screeningovému programu karcinomu děložního hrdla patří tento karcinom k nejčastějším typům nádorových onemocnění u žen na celém světě. Hlavními problémy screeningu karcinomu děložního hrdla jsou nízká účast a nízká senzitivita cytologie, která se stále používá ve většině screeningových programů. Řešením by mohl být přechod na primární HPV screening a zasílání souprav pro samoodběr ženám, které se screeningu neúčastní. V průběhu projektu bude analyzována nejlepší strategie pro zapojení českých žen do screeningového programu. Získané vzorky budou testovány na přítomnost HPV DNA a dalších molekulárních biomarkerů důležitých pro eliminaci viru a progresi/regresi karcinomu děložního hrdla. Zjištění povedou k identifikaci biomarkerů pro včasnou diagnostiku, progresi onemocnění nebo strategie třídění (triáže). Cílem projektu je objasnit nejlepší strategii pro zapojení žen, které se screeningového programu karcinomu děložního hrdla neúčastní. Druhým cílem je studovat genetický a proteomický profil HPV pozitivních/negativních žen s normální/abnormální cervikální cytologií a také genetické varianty HPV a jejich význam pro regresi/progresi onemocnění. Student si osvojí dovednosti z oblasti biochemie, molekulární biologie, bioinformatiky a práce s buněčnými kulturami. Jde o ideální projekt pro studenta, který chce pokračovat ve vyšším studiu v oblasti výzkumu rakoviny. Projekt bude využívat různé techniky včetně PCR, in situ hybridizace, sekvenování nové generace a hmotnostní spektrometrie. |
4 Biomarkery: Identifikace a validace
| Projekt: | Genetic and epigenetic biomarkers in cancer |
|---|---|
| Vedoucí: | Drábek Jiří Ph.D., Slavkovský Rastislav Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D. |
| K dispozici: | 3 |
| Určeno pro: | Doktorské studium |
| Souhrn: | Klonální hematopoéza neurčitého potenciálu (CHIP) byla nedávno popsána jako častý jev spojený se stárnutím. Je charakterizována hromaděním somatických mutací v buňkách krvetvorného systému. Přestože se CHIP projevuje expanzí určitých buněčných klonů, tento stav není doprovázen žádnými morfologickými znaky hematologické neoplazie. Bylo však prokázáno, že výskyt klonální hematopoézy koreluje se zvýšenou celkovou mortalitou a s rizikem maligní transformace krvetvorných buněk i kardiovaskulárních onemocnění, jako je ischemická cévní mozková příhoda. Do jaké míry a jakými mechanismy klonální hematopoéza přispívá k rozvoji onemocnění, zůstává předmětem současného výzkumu. Hlavním cílem projektu bude určit hlavní buňky nesoucí somatické mutace CHIP a studovat jejich úlohu při vzniku a udržování aterosklerotických plátů, zejména těch, které se podílejí na vzniku cévní mozkové příhody. Zvláštní pozornost bude věnována srovnání fenotypu CHIP pozitivních a negativních buněk. Využívané buněčné modely zahrnují nejen různé typy leukocytů, ale také cirkulující progenitorové endoteliální buňky. Studie bude zahrnovat starší osoby s prokázanou přítomností CHIP (>65 let). Subjekty budou našimi klinickými spolupracovníky charakterizovány podle přítomnosti či nepřítomnosti ischemické cévní mozkové příhody a přítomnosti či nepřítomnosti stenózy karotid. Přítomnost somatických variant ve 38 vybraných genech spojených s CHIP bude u sledovaných subjektů testována v rámci naší výzkumné skupiny. Projekt bude využívat různé techniky včetně FACS, MACS, buněčných kultur, izolace DNA z malého množství buněk, vysoce citlivé sekvenační metody pro genotypizaci DNA umožňující detekci variant s alelickou frekvencí nižší než 1 %, přípravy sekvenačních knihoven DNA/RNA, hlubokého masivně paralelního sekvenování panelu genů s využitím unikátních molekulárních čárových kódů/indexů, RNAseq, bioinformatiky a analýzy dat s možností výpočtů na vysoce výkonném výpočetním clusteru, správy dat a statistického vyhodnocení. |
| Projekt: | Genetic and epigenetic biomarkers in cancer |
|---|---|
| Vedoucí: | Drábek Jiří Ph.D., Slavkovský Rastislav Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D. |
| K dispozici: | 3 |
| Určeno pro: | Doktorské studium |
| Souhrn: | Klonální hematopoéza neurčitého potenciálu (CHIP) byla nedávno popsána jako častý jev spojený se stárnutím. Je charakterizována hromaděním somatických mutací v buňkách krvetvorného systému. Přestože se CHIP projevuje expanzí určitých buněčných klonů, tento stav není doprovázen žádnými morfologickými znaky hematologické neoplazie. Bylo však prokázáno, že výskyt klonální hematopoézy koreluje se zvýšenou celkovou mortalitou a s rizikem maligní transformace krvetvorných buněk i kardiovaskulárních onemocnění, jako je ischemická cévní mozková příhoda. Do jaké míry a jakými mechanismy klonální hematopoéza přispívá k rozvoji onemocnění, zůstává předmětem současného výzkumu. Hlavním cílem projektu bude určit hlavní buňky nesoucí somatické mutace CHIP a studovat jejich úlohu při vzniku a udržování aterosklerotických plátů, zejména těch, které se podílejí na vzniku cévní mozkové příhody. Zvláštní pozornost bude věnována srovnání fenotypu CHIP pozitivních a negativních buněk. Využívané buněčné modely zahrnují nejen různé typy leukocytů, ale také cirkulující progenitorové endoteliální buňky. Studie bude zahrnovat starší osoby s prokázanou přítomností CHIP (>65 let). Subjekty budou našimi klinickými spolupracovníky charakterizovány podle přítomnosti či nepřítomnosti ischemické cévní mozkové příhody a přítomnosti či nepřítomnosti stenózy karotid. Přítomnost somatických variant ve 38 vybraných genech spojených s CHIP bude u sledovaných subjektů testována v rámci naší výzkumné skupiny. Projekt bude využívat různé techniky včetně FACS, MACS, buněčných kultur, izolace DNA z malého množství buněk, vysoce citlivé sekvenační metody pro genotypizaci DNA umožňující detekci variant s alelickou frekvencí nižší než 1 %, přípravy sekvenačních knihoven DNA/RNA, hlubokého masivně paralelního sekvenování panelu genů s využitím unikátních molekulárních čárových kódů/indexů, RNAseq, bioinformatiky a analýzy dat s možností výpočtů na vysoce výkonném výpočetním clusteru, správy dat a statistického vyhodnocení. |
| Projekt: | New prognostic and predictive factors in solid tumors |
|---|---|
| Vedoucí: | Srovnal Josef M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D. |
| K dispozici: | 2 |
| Určeno pro: | Doktorské studium |
| Souhrn: | Rakovina je v západních zemích druhou nejčastější příčinou úmrtí. Včasná diagnostika a cílená terapie zlepšují výsledky léčby. Díky novým biotechnologiím lze diagnózu stanovit včas a přesně a znalost molekulární genetiky nádoru umožňuje zvolit nejvhodnější terapii pro konkrétního pacienta. Citlivost moderních molekulárních metod umožňuje charakterizovat vlastnosti nádoru z míst vzdálených od primárního nádoru, a to s využitím krve pacienta. Předmětem nabízeného studijního programu je identifikace nových prognostických a prediktivních biomarkerů nádorových onemocnění pomocí tekutých biopsií. Jde zejména o analýzu cirkulujících nádorových buněk (CTC), cirkulující volné nádorové DNA (ctDNA) a cirkulujících miRNA. Cílem projektu je dále zavádět koncept tekuté biopsie do diagnostiky a monitorování terapie solidních nádorů, zejména kolorektálního karcinomu, karcinomu prsu, plic a nádorů CNS. Patří sem monitorování odpovědi na léčbu a rezistence, identifikace nových terapeutických cílů a odhad prognózy onemocnění. Projekt poskytne školení v široce používaných a přenositelných technikách, včetně systému záchytu cirkulujících nádorových buněk, digitální kapénkové PCR, qPCR s reverzní transkripcí, RNA-seq, analýz jednotlivých buněk, xenograftových modelů a dalších multiomických metod. Hledáme uchazeče se vzděláním v oboru molekulární biologie, medicíny, buněčné biologie nebo v příbuzné oblasti, kteří mají zájem zkoumat nové přístupy v diagnostice nádorových onemocnění s významným potenciálem pro veřejné zdraví. |
| Projekt: | New prognostic and predictive factors in solid tumors |
|---|---|
| Vedoucí: | Srovnal Josef M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D. |
| K dispozici: | 2 |
| Určeno pro: | Doktorské studium |
| Souhrn: | Rakovina je v západních zemích druhou nejčastější příčinou úmrtí. Včasná diagnostika a cílená terapie zlepšují výsledky léčby. Díky novým biotechnologiím lze diagnózu stanovit včas a přesně a znalost molekulární genetiky nádoru umožňuje zvolit nejvhodnější terapii pro konkrétního pacienta. Citlivost moderních molekulárních metod umožňuje charakterizovat vlastnosti nádoru z míst vzdálených od primárního nádoru, a to s využitím krve pacienta. Předmětem nabízeného studijního programu je identifikace nových prognostických a prediktivních biomarkerů nádorových onemocnění pomocí tekutých biopsií. Jde zejména o analýzu cirkulujících nádorových buněk (CTC), cirkulující volné nádorové DNA (ctDNA) a cirkulujících miRNA. Cílem projektu je dále zavádět koncept tekuté biopsie do diagnostiky a monitorování terapie solidních nádorů, zejména kolorektálního karcinomu, karcinomu prsu, plic a nádorů CNS. Patří sem monitorování odpovědi na léčbu a rezistence, identifikace nových terapeutických cílů a odhad prognózy onemocnění. Projekt poskytne školení v široce používaných a přenositelných technikách, včetně systému záchytu cirkulujících nádorových buněk, digitální kapénkové PCR, qPCR s reverzní transkripcí, RNA-seq, analýz jednotlivých buněk, xenograftových modelů a dalších multiomických metod. Hledáme uchazeče se vzděláním v oboru molekulární biologie, medicíny, buněčné biologie nebo v příbuzné oblasti, kteří mají zájem zkoumat nové přístupy v diagnostice nádorových onemocnění s významným potenciálem pro veřejné zdraví. |